Question

当我尝试在R中安装软件包时，如果加载了.Rprofile，安装几乎总是会失败。但是，当我使用--vanilla标志加载R时，我可以毫无问题地安装软件包。这是带有问题的R会话的输出。我认为难度与.First()中的.Rprofile函数或历史文件有关。 My Rprofile file is here

$ install.packages("SuppDists")
Installing package into ‘/home/lmullen/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.cnr.Berkeley.edu/src/contrib/SuppDists_1.1-9.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 140784 bytes (137 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 137 Kb

Loading required package: stats
Loading required package: sp
rgeos version: 0.2-19, (SVN revision 394)
 GEOS runtime version: 3.3.3-CAPI-1.7.4 
 Polygon checking: TRUE 

rgdal: version: 0.8-10, (SVN revision 478)
Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded
Loaded GDAL runtime: GDAL 1.9.0, released 2011/12/29
Path to GDAL shared files: /usr/share/gdal/1.9
Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.7.1, 23 September 2009, [PJ_VERSION: 470]
Path to PROJ.4 shared files: (autodetected)
Error in .External2(C_loadhistory, file) : no history mechanism available
Calls: .First -> <Anonymous>
Execution halted

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpX42EEZ/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("SuppDists") :
  installation of package ‘SuppDists’ had non-zero exit status

有谁知道问题是什么？

Answer 1

Henrik在R-devel邮件列表上给了我答案：

使用

if (interactive()) utils::loadhistory(file = "~/.Rhistory")

应该解决你的问题。原因是install.packages()在   转启动一个非交互式子R进程安装   包。当该进程加载您的启动文件时，它会失败，因为   该功能只能在交互模式下使用。

Answer 2

我想出了导致问题的我.Rprofile中的行，但我不知道他们为什么会导致这个问题。 .First和.Last函数是：

.First <- function() {
  utils:::loadhistory(file = "~/.Rhistory")
  cat("\nSuccessfully loaded .Rprofile at", date(), "\n\n")
}

.Last <- function() {
  utils:::savehistory(file = "~/.Rhistory")
}

评论有关保存和加载历史记录的内容，我可以安装软件包。

Answer 3

在Ubunto中：

我是从R外部安装的，它运行良好，感谢@ hugo-raguet：

sudo apt-get -y install build-essential
sudo apt-get -y install r-cran-igraph

我相信以后不需要在R中安装 igraph 。

在加载.Rprofile时，在R上安装软件包失败

3 个答案:

在Ubunto中：