Question

我一直在MCMC算法中使用deSolve包来估计ODE中的参数，并在C中编写求解器中使用的函数来加速算法。有时，但并非总是在运行Error in .C("unlock solver")函数时出现错误ode。我能够使用命令

成功编译和链接C文件

system("R CMD SHLIB [insert-file-path]")
dyn.load("[dll-file-path]")

但是当我尝试使用dll文件解决ODE时，会抛出错误。然后，即使运行如下所示的简单脚本，我也会得到同样的错误。我认为这个问题与使用已编译的代码有关，但我不知道如何找不到任何关于此错误的引用。

> require(deSolve)
> initVal <- c(y=1)
> times <- seq(0, 1, 0.001)
> parms <- c(k=1)
> model1 <- function(t, y, parms){
+   with(as.list(c(y, parms)),{
+     dy <- -k*y;
+     list(c(dy))
+   })
+ }
> out <- ode(y=initVal, times=times, parms=parms, func=model1)
Error in .C("unlock_solver") : 
  "unlock_solver" not resolved from current namespace (deSolve)

部分解决方案 如果我重新启动R并仅使用dyn.load函数加载DLL，但不编译代码，ode函数运行时没有错误。这解决了我的问题，但我仍然不知道为什么。

Answer 1

编辑： Thomas Petzoldt在R帮助列表中的真正解决方案：

“[错误]发生，如果在编译模型之后加载了包deSolve ...解决方案是在加载DLL之前加载deSolve，理想情况是在脚本的最开始，至少在加载之前加载/卸载DLL / .so“

如果这不起作用，下面也可以（旧回答）：

我找到了一个不太优雅的解决方案。

问题似乎是deSolve中的“unlock_solver”函数以某种方式无法正确访问。您可以卸载并重新加载整个deSolve.so文件，而不是重新启动R。

为此，您可以使用以下内容：

require(deSolve)

# encounter error

library.dynam.unload("deSolve", libpath=paste(.libPaths()[1], "//deSolve", sep=""))
library.dynam("deSolve", package="deSolve", lib.loc=.libPaths()[1])

如果它位于.libPaths变量的第一个元素中，则需要将“.libPaths（）[1]”替换为已安装deSolve的位置。

但是，这是一把大锤。我已经向r-help列表发出了一个请求，询问是否有某种方法可以更改R查找“unlock_solver”的位置，或者只是卸载/重新加载deSolve的一部分。

Answer 2

确保（在脚本的开头）安装了以下软件包来编译.dll文件。

packages <- c("deSolve","coda", "adaptMCMC")  
if(require(packages)){
    install.packages(packages,dependencies = T)
  }
ppp <- lapply(packages,require,character.only=T)

首先在您的wdir中删除当前的.dll文件

c_compile <- "your_c_file"
dyn.unload(paste0(c_compile,".dll")) # unload dll (Windows only)

然后编译C文件和.dll

system(paste0("R CMD SHLIB ",c_compile,".c"))
dyn.load(paste0(c_compile,".dll"))# Load dll (Windows only)

“.C（”解锁解算器“）中的错误的原因是什么？”deSolve包中的错误？

2 个答案: