请原谅我，但我对Rcpp了解不多，但我想知道为了改进我正在编写的软件包，学习它是否合适。
我已经编写了一个R封装（应该），它可以通过MCMC算法从高维，受约束的空间中有效地随机采样。它是（未完成的）位于https://github.com/davidkane9/kmatching。
问题是，当我运行一个名为Gelman-Rubin诊断的统计测试时，看看我的MCMC算法是否已经收敛到静止分布，我应该得到R = 1的统计数据，但是我的数字非常高，基本上告诉我我的采样很糟糕，没有人应该使用它。解决方案是采取更多样本并跳过更多（从1000个中取出1个而不是每100个中取1个）。然而，这需要很多时间。如果你想运行一些代码，这是一个例子：
##install the package first
data(lalonde)
matchvars = c("age", "educ", "black")
k = kmatch(x = lalonde, weight.var = "treat", match.var = matchvars, n = 1000, skiplength = 1000, chains = 2, verbose = TRUE)
看一下这个Rprof输出，我得到的是rnorm和%*%占用大部分时间：
total.time total.pct self.time self.pct
"kmatch" 1453.14 100.00 0.00 0.00
"hitandrun" 1450.18 99.79 128.80 8.86
"%*%" 757.00 52.09 757.00 52.09
"cat" 343.18 23.62 329.82 22.70
"rnorm" 106.34 7.32 103.50 7.12
"mirror" 35.26 2.43 21.84 1.50
"paste" 14.02 0.96 14.02 0.96
"stdout" 13.36 0.92 13.36 0.92
"runif" 13.32 0.92 13.32 0.92
"/" 12.82 0.88 12.82 0.88
">" 7.42 0.51 7.42 0.51
"<" 6.22 0.43 6.22 0.43
"-" 5.78 0.40 5.78 0.40
"max" 5.18 0.36 5.18 0.36
"nchar" 5.12 0.35 5.12 0.35
"*" 4.84 0.33 4.84 0.33
"min" 3.94 0.27 3.94 0.27
"sum" 3.42 0.24 3.42 0.24
"gelman.diag" 2.90 0.20 0.00 0.00
"==" 2.86 0.20 2.86 0.20
"ncol" 2.84 0.20 2.84 0.20
"apply" 2.72 0.19 0.26 0.02
"+" 2.48 0.17 2.48 0.17
"FUN" 2.32 0.16 1.66 0.11
"^" 2.08 0.14 2.08 0.14
":" 1.24 0.09 1.24 0.09
"sqrt" 0.96 0.07 0.96 0.07
"%%" 0.90 0.06 0.90 0.06
"mean.default" 0.62 0.04 0.62 0.04
"lapply" 0.40 0.03 0.26 0.02
"(" 0.32 0.02 0.32 0.02
"unlist" 0.26 0.02 0.00 0.00
"array" 0.12 0.01 0.02 0.00
"sapply" 0.12 0.01 0.00 0.00
"matrix" 0.06 0.00 0.02 0.00
"Null" 0.04 0.00 0.04 0.00
"print" 0.04 0.00 0.00 0.00
"unique" 0.04 0.00 0.00 0.00
"abs" 0.02 0.00 0.02 0.00
"all" 0.02 0.00 0.02 0.00
"aperm.default" 0.02 0.00 0.02 0.00
"as.matrix.mcmc" 0.02 0.00 0.02 0.00
"file.exists" 0.02 0.00 0.02 0.00
"list" 0.02 0.00 0.02 0.00
"print.default" 0.02 0.00 0.02 0.00
"stopifnot" 0.02 0.00 0.02 0.00
"unique.default" 0.02 0.00 0.02 0.00
"which.min" 0.02 0.00 0.02 0.00
"<Anonymous>" 0.02 0.00 0.00 0.00
"aperm" 0.02 0.00 0.00 0.00
"as.mcmc.list" 0.02 0.00 0.00 0.00
"as.mcmc.list.default" 0.02 0.00 0.00 0.00
"data" 0.02 0.00 0.00 0.00
"mcmc.list" 0.02 0.00 0.00 0.00
"print.gelman.diag" 0.02 0.00 0.00 0.00
"quantile.default" 0.02 0.00 0.00 0.00
"sort" 0.02 0.00 0.00 0.00
"sort.default" 0.02 0.00 0.00 0.00
"sort.int" 0.02 0.00 0.00 0.00
"summary" 0.02 0.00 0.00 0.00
"summary.default" 0.02 0.00 0.00 0.00
如果我设置verbose = F，则cat消失，但%*%占用大约70％的时间。我想知道是否值得尝试用C ++编写我的代码然后使用RCpp，或者如果因为花费这么多时间的函数是基本函数（已经用C编写）它就不值得我和我只需要忍受它或找到更好的算法。
编辑：根据Rprof，在u = Z %*% r hitandrun中阻碍我的一行是## This is the loop that is being run millions of times and taking forever
for(i in 1:(n*skiplength+discard)) {
tmin<-0;tmax<-0;
## runs counts how many times tried to pick a direction, if
## too high fail.
runs = 0
while(tmin ==0 && tmax ==0) {
## r is a random unit vector in with basis in Z
r <- rnorm(ncol(Z))
r <- r/sqrt(sum(r^2))
## u is a unit vector in the appropriate k-plane pointing in a
## random direction Z %*% r is the same as in mirror
u <- Z%*%r
c <- y/u
## determine intersections of x + t*u with walls
## the limits on how far you can go backward and forward
## i.e. the maximum and minimum ratio y_i/u_i for negative and positive u.
tmin <- max(-c[u>0]); tmax <- min(-c[u<0]);
## unboundedness
if(tmin == -Inf || tmax == Inf){
stop("problem is unbounded")
}
## if stuck on boundary point
if(tmin==0 && tmax ==0) {
runs = runs + 1
if(runs >= 1000) stop("hitandrun found can't find feasible direction, cannot generate points")
}
}
## chose a point on the line segment
y <- y + (tmin + (tmax - tmin)*runif(1))*u;
## choose a point every 'skiplength' samples
if(i %% skiplength == 0) {
X[,index] <- y
index <- index + 1
}
if(verbose) for(j in 1:nchar(str)) cat("\b")
str <- paste(i)
if(verbose) cat(str)
}
：
{{1}}
实际上它是我在采样循环中进行矩阵乘法的唯一时间，但是我做了数千次，每次采样一百万个样本并抛出99％。
答案 0 :(得分：2)
其中一个早期的软件包是Whit的rcppbugs，在用他编写的一些类编程后，他转换为Rcpp以便于使用。对“Rcpp MCMC”的随意网络搜索将引导您访问几个帖子。
其他作者也使用过Rcpp。它也位于（R）Stan的内部，因为您真的希望MCMC 中固有的循环结构尽可能快地运行。因此编译。
上周我向rcpp-devel列表询问了我将在明天提交的简短R用户组演示文稿中谈到的内容，以及“MCMC”建议或多或少的主导。还介绍了另一个RUG的整个讲话。我将链接到该主题但不知何故它落入了Gmane的rcpp-devel存档。
总而言之，我会说是的，你确实想考虑在这里使用Rcpp。