转换Bowtie和Sam格式对齐文件

Question

我需要两个对齐文件都是bowtie和samtools格式，以便我可以在以后的管道中将它们提供给不同的程序。是否有任何方法可以将sam对齐文件转换为bowtie对齐文件，反之亦然？

另一种方法是进行两次对齐并获得bowtie程序，以便在每种情况下以不同的格式输出它。然而，这浪费了太多时间。

Answer 1

我不知道具体的方法，但我会从bowtie获得SAM，然后转换为bowtie格式，因为SAM拥有所有信息。你可以使用简单的命令linux with awk。