我是Bowtie的新手。我试图使用Bowtie进行端到端局部对齐。我收到此错误消息：
Could not locate a Bowtie index corresponding to basename "/bowtie2-index/hg19"
在我的安装和bowtie2-index / hg19文件夹中有六个bt2文件。我使用以下命令：
/opt/bowtie2/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -p 64 -x /mnt/miczfs/tide/bowtie2-index/hg19 -S /mnt/miczfs/tide/Data/chr2chr3/chr2chr3.sam -1 /mnt/miczfs/tide/Data/chr2chr3/chr2chr3.f1.fastq -2 /mnt/miczfs/tide/Data/chr2chr3/chr2chr3.f2.fastq
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这是一个长期存在的问题，我想这里的文档不够明确。通过使用-x /mnt/miczfs/tide/bowtie2-index/hg19，您告诉bowtie2您应该使用/mnt/miczfs/tide/bowtie2-index/hg19.1.bt2之类的文件。您没有指定文件夹，请指定“basename”。你可能意味着-x /mnt/miczfs/tide/bowtie2-index/hg19/hg19或类似的东西。