Question

我想编写一个S4对象，以便它可以传递给只接受S3对象的方法。（似乎setOldClass()可能与此有关，但documentation对我来说不清楚？）

e.g。一个最小的例子想象我有S3类和函数：

myS3 <- list(a = 1, b = 2)
class(myS3) <- "myS3class"
myS3function.myS3class <- function(x) x$a + x$b

我有S4对象

setClass("myS4class", representation(a = "numeric", b = "numeric"))
obj <- new("myS4class", a = 1, b = 2)

我有什么可以做的吗

myS3function.myS3class(obj)

给了我同样的东西

myS3function.myS3class(myS3)

通过仅修改S4类？

编辑这种方法的基本原理是利用S3类的所有现有方法（通常可能来自其他软件包等），而无需重写它们。我意识到一种方法只是编写一个强制方法（setAs()），将我的S4对象转换为S3对象，但用户总是必须手动执行此步骤。（虽然它有效，但我也有点不清楚使用setAs()将S4类带入S3类是不好的做法，而不是在S4类之间进行映射）。

从我阅读setOldClass的文档的方式来看，听起来这可以使S3对象像S4对象一样？那是对的吗？如果是这样，我的问题是，是否可以反过来（可能通过在S4类中设置prototype？）。

如果这是不可能的，那么解释为什么这会是一个坏主意的理由呢？

Answer 1

在S4类中添加一个方法，将其转换为S3类。

setGeneric(
  "as.myS3class", 
  function(object)
  {
    standardGeneric("as.myS3class")
  }  
)

setMethod(
  "as.myS3class",
  signature(object = "myS4class"),
  function(object)
  {
    structure(list(a = object@a, b = object@b), class = "myS3class")
  }
)

然后你可以像这样调用S3方法：

myS3function(as.myS3class(obj))

Answer 2

如果你想重用两个 S3和S4类的一个函数，而不是改变它，你可以为$编写自己的定义：

f <- function(x, name)
slot(x, name)

setMethod("$", signature=c(x="myS4class"), definition=f)

myS3function.myS4class(obj)
# [1] 3

但这对我来说似乎很可疑。对于初学者，您可能还需要[[的类似方法，因为函数可以引用列表元素：

setMethod("[[", signature=c(x="myS4class", i="character"),
                definition=function(x, i) slot(x, i))

你也需要分配方法：

setMethod("$<-", signature=c(x="myS4class", value="numeric"),
                 definition=function(x, name, value) `slot<-`(x, name, check=TRUE, value))

setMethod("[[<-", signature=c(x="myS4class", i="character", value="numeric"),
                  definition=function(x, i, value) `slot<-`(x, i, check=TRUE, value))

但是你有数字引用的问题：

obj[[1]]
# Error in obj[[1]] : this S4 class is not subsettable

所以你需要另一种方法：

g <- function(x, i)
{
    slots <- names(getClass("myS4class")@slots)
    slot(x, slots[i])
}

setMethod("[[", signature=c(x="myS4class", i="numeric"), g)

总而言之，似乎需要做很多工作才能获得更多收益。

Answer 3

成功的解决方案确实埋藏在setOldClass：

的文档中

 ## Examples of S3 classes with guaranteed attributes
 ## an S3 class "stamped" with a vector and  a "date" attribute
 ## Here is a generator function and an S3 print method.
 ## NOTE:  it's essential that the generator checks the attribute classes
 stamped <- function(x, date = Sys.time()) {
     if(!inherits(date, "POSIXt"))
       stop("bad date argument")
     if(!is.vector(x))
       stop("x must be a vector")
     attr(x, "date") <- date
     class(x) <- "stamped"
     x
 }

 print.stamped <- function(x, ...) {
     print(as.vector(x))
     cat("Date: ",  format(attr(x,"date")), "\n")
 }

 ## Now, an S4 class with the same structure:
 setClass("stamped4", contains = "vector", representation(date = "POSIXt"))

 ## We can use the S4 class to register "stamped", with its attributes:
 setOldClass("stamped", S4Class = "stamped4")
 selectMethod("show", "stamped")
 ## and then remove "stamped4" to clean up
 removeClass("stamped4")

 someLetters <- stamped(sample(letters, 10),
                        ISOdatetime(2008, 10, 15, 12, 0, 0))

 st <- new("stamped", someLetters)
 st
 # show() method prints the object's class, then calls the S3 print method.

 stopifnot(identical(S3Part(st, TRUE), someLetters))

 # creating the S4 object directly from its data part and slots
 new("stamped", 1:10, date = ISOdatetime(1976, 5, 5, 15, 10, 0))

请注意，S4对象可以使用S3打印方法。让我感到惊讶的是，即使没有对selectMethod的额外调用，这也适用于为S3类而不是S4类定义的其他方法。我在此处使用ape::phylo对象的一个更详细的示例说明了这一点：http://carlboettiger.info/2013/10/07/nexml-phylo-class-extension.html

使S4对象充当S3类？

3 个答案: