CSV导入Gephi

时间:2013-07-29 18:03:39

标签: r csv graph gephi

我使用大型数据集中的R创建了我的网络。我用了一个较小的一个来测试和编写我自己的绘图仪,以显示我喜欢它的显示方式,我似乎无法做到正确....

此图显示了我的网络应该如何显示。我已经尝试了数据的方形矩阵(36x36)和以CSV格式导出的1x36,它们都没有给出我想要的结果。

Desired Network

忽略较大的圈子,我想要显示在上图中的网络。

版本1 - 1x36 - https://www.dropbox.com/s/k4a7tc0kwlfqd0l/ABC.csv

第2版 - 36x36 - https://www.dropbox.com/s/mmu7spix076bn6e/DEF.csv

结构如下。第1行和第1行第1列 - 节点名称。所有数字都决定是否存在边缘(0或1)。

当我尝试导入这些文件时,Gephi以不寻常的方式解释它们。

我有什么问题吗?

干杯

1 个答案:

答案 0 :(得分:4)

我建议您使用 rgexf 。它可以在 http://cran.r-project.org/web/packages/rgexf/index.html

我认为你已经有了一份清单。我叫它x。

library(rgexf)
data <- edge.list(x)  # It creates two objects from your edgelist: data$nodes and data$edges 
g <- write.gexf(nodes=data$nodes,edges=data$edges,...) # It creates a graph in gexf format, here you can add nodes' attributes, edges' attributes, etc... 
print(g, file="mygraph.gexf") # It saves the graph

了解更多详情。手册在这里:http://cran.r-project.org/web/packages/rgexf/rgexf.pdf