TopHat 2似乎无法识别或使用指定的输出目录

Question

我正在尝试在TopHat中设置数据分析管道。出于某种原因，我似乎无法让程序使用我指定的输出目录。我尝试了以下命令：

--output-dir "/path" \
--output-dir /path \
-o "/path" \
-o /path \

但是，所有文件都会被写入./tophat_out

有没有人遇到过类似的问题？

Answer 1

我也遇到了这个问题，然后在基因组和序列文件解决这个问题之前指定所有选项。