将参数从调用bash脚本传递给Rscript

Question

我有一个bash脚本执行某些操作然后调用Rscript。这里有一个简单的例子来说明：

test.sh：

Rscript test.r

test.r：

args <- commandArgs()
print(args)

如何在R打印hello中使用./test.sh hello命令行结果？

Answer 1

你可以让bash将所有参数传递给R脚本，使用类似的东西来表示bash脚本：

#!/bin/bash

Rscript /path/to/R/script --args "$*"

exit 0

然后，您可以选择需要在R中删除多少来自$ *的参数。

Answer 2

我注意到处理这个问题的方法是：

<强> test.sh：

Rscript test.r $1

<强> test.r：

args <- commandArgs(TRUE)
print(args)

$1表示传递给bash脚本的第一个参数。

当调用commandArgs()而不是commandArgs(TRUE)时，它不会从bash传递，而是会打印内部调用的其他参数。

Answer 3

关于asb的回答：

在bash脚本行中使用“--args”不起作用，“ - args”被视​​为我要传递到R脚本的真实参数的字面值。把它拿出来工作，即“Rscript /path/to/my/rfile.R arg1 arg2”

bash版本：GNU bash，版本3.2.25（1）-release（x86_64-redhat-linux-gnu） Rscript版本：R脚本前端版本3.0.1（2013-05-16）