用c ++读取ped文件。

Question

是否有任何C ++库可以读取ped文件（http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/data.shtml#ped）？

Answer 1

从PED转换为BED文件

To convert myPlinkTextData.ped and myPlinkTextData.map in Plink binary format, use Plink as follows:
plink --file myPlinkTextData --make-bed --out myPlinkBinaryData 

来源：http://www.shapeit.fr/pages/m02_formats/pedmap.html

用于阅读BED文件的库

https://github.com/fadern/libplinkio（来自vinash85评论）

阅读PED文件似乎在路线图（1.0）上，但我找不到关于何时或是否会达到1.0的任何信息。

编写自己的PED文件库

plink命令行工具的源代码可用：

http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/download.shtml

因此，如果您需要一个可以完成所有操作的单个库，您可以将其中的一部分和libplinkio的部分内容合并，然后将它们合并。

Answer 2

可以通过https://github.com/fadern/libplinkio读取ped文件。但它以二进制格式读取了ped文件。当文件转换为转置二进制格式时也是如此。通常以ped格式，基因型被编码为A，G，C，T或1,2,3,4。这表示原始序列。 libplinkio库对主要/次要/缺失等位基因使用0/1 / NA编码。这可以通过使用plink http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/download.shtml来实现。 plink --make-bed ...