一般字符串java的多序列对齐

Question

我在hadoop工作，我必须在java中对齐n个字符串，我想要一个在Java中计算一般字符串（没有生物信息学，基因组等）的算法。 ES。

ASFHASFHASDSAAPJEIHRA <-- seq1
AAPSOFHASFDSOISISN--A <-- seq2
AWP-JWRAIADSDIA--N--A <-- seq3
AOPSJD-A-JDSSDSOQOSSJ <-- seq4
100000000011000000000 <-- score

有人可以帮我找一个名字，图书馆或其他东西吗？

Answer 1

您可以编写自己的动态编程算法，但复杂度为：O（N ^ k），如果N是序列长度，k是序列数。假设您有k = 2个序列： 你有一个2D网格，你的网格中的每个点都对应一对字符。因此position（1,1）对应于word1 [1]和word2 [1]。此网格中的水平和垂直边缘对应于插入和删除，而对角线则匹配或不匹配。对于每一个你必须设备罚款。在您的示例中，匹配= +1，而其他可能性为+0。当您到达网格的右下角时，您将获得最佳对齐分数。