减去每个度量的特定条件

时间:2013-07-03 11:47:03

标签: r subtraction baseline

我有一个看似如下的数据框,它继续到主题22 Beta是依赖度量。

Subject ROI Block Condition Beta
1   motor1  1   nopred_noom -2.8653
1   motor1  1   pred_noom   -2.9126
1   motor1  1   nopred_om   -2.8688
1   motor1  1   pred_om -2.9098
1   motor1  1   null    -2.7717
1   motor1  2   nopred_noom -2.2382
1   motor1  2   pred_noom   -2.0583
1   motor1  2   nopred_om   -2.2207
1   motor1  2   pred_om -2.1928
1   motor1  2   null    -2.1166
1   motor1  3   nopred_noom -1.5992
1   motor1  3   pred_noom   -1.5493
1   motor1  3   nopred_om   -1.5230
1   motor1  3   pred_om -1.4851
1   motor1  3   null    -1.5624
2   motor1  1   nopred_noom -1.1354
2   motor1  1   pred_noom   -1.1614
2   motor1  1   nopred_om   -1.2779
2   motor1  1   pred_om -1.1234
2   motor1  1   null    -1.2203
2   motor1  2   nopred_noom -1.5728
2   motor1  2   pred_noom   -1.6614
2   motor1  2   nopred_om   -1.7076
2   motor1  2   pred_om -1.7702
2   motor1  2   null    -1.4170

有5个条件,但我想使用条件null作为基线,并希望从每个相应的块和主题中的其他条件中减去它。

所以我会减去主题1,第1块中的Beta,在subject1,block 1中的其他条件中从Beta度量中调整“null”但是我想使用来自subject1的beta值“null”,block2用于主题1中的度量,block2等等。

每隔5个条件就会出现

null条件,我怀疑我需要使用循环,但我对R很新,我不知道该怎么做。

任何帮助表示赞赏!!! 谢谢:))

3 个答案:

答案 0 :(得分:1)

这需要所谓的“拆分 - 应用 - 组合”方法。有很多可能性来做到这一点。对于初学者来说最简单的是package plyr,因为它的语法很好。

library(plyr)
DF <- ddply(DF, .(Subject,ROI,Block), transform, Beta0 = Beta-Beta[Condition=="null"])

#    Subject    ROI Block   Condition    Beta   Beta0
# 1        1 motor1     1 nopred_noom -2.8653 -0.0936
# 2        1 motor1     1   pred_noom -2.9126 -0.1409
# 3        1 motor1     1   nopred_om -2.8688 -0.0971
# 4        1 motor1     1     pred_om -2.9098 -0.1381
# 5        1 motor1     1        null -2.7717  0.0000
# 6        1 motor1     2 nopred_noom -2.2382 -0.1216
# 7        1 motor1     2   pred_noom -2.0583  0.0583
# 8        1 motor1     2   nopred_om -2.2207 -0.1041
# 9        1 motor1     2     pred_om -2.1928 -0.0762
# 10       1 motor1     2        null -2.1166  0.0000
# <snip>

答案 1 :(得分:1)

以下是上述任务的基本R代码:

#-- split
dfs <- split(df, list(df$Block, df$Subject))
#-- apply
Beta0<-NULL
for (i in 1:length(dfs))
{Beta0 <- dfs[[i]]$Beta - dfs[[i]][dfs[[i]]$Condition=="null",]$Beta;
 dfs[[i]][,"Beta0"] <- Beta0}
#-- recombine
dfrc <- do.call(rbind, dfs)

df =原始数据框; dfs =包含所有拆分子组的列表; dfrc =新数据框,应重现上面显示的新列“Beta0”的结果。

我发布了这个,因为我有一个类似的数据集 - 在一个块中,条件为“null”的缺失值为“Beta”。 Plyr产生了一条错误消息“参数意味着行数不同:x,0”并且d dnot计算。但是,上面的代码为该块生成了NA,但计算了所有其余的。

答案 2 :(得分:0)

进入data.table也很有趣。或者也许我只是在DT踢......

带有数据的可回答问题的

+1。

df <- read.table(text ='Subject ROI Block Condition Beta
1   motor1  1   nopred_noom -2.8653
1   motor1  1   pred_noom   -2.9126
1   motor1  1   nopred_om   -2.8688
1   motor1  1   pred_om -2.9098
1   motor1  1   null    -2.7717
1   motor1  2   nopred_noom -2.2382
1   motor1  2   pred_noom   -2.0583
1   motor1  2   nopred_om   -2.2207
1   motor1  2   pred_om -2.1928
1   motor1  2   null    -2.1166
1   motor1  3   nopred_noom -1.5992
1   motor1  3   pred_noom   -1.5493
1   motor1  3   nopred_om   -1.5230
1   motor1  3   pred_om -1.4851
1   motor1  3   null    -1.5624
2   motor1  1   nopred_noom -1.1354
2   motor1  1   pred_noom   -1.1614
2   motor1  1   nopred_om   -1.2779
2   motor1  1   pred_om -1.1234
2   motor1  1   null    -1.2203
2   motor1  2   nopred_noom -1.5728
2   motor1  2   pred_noom   -1.6614
2   motor1  2   nopred_om   -1.7076
2   motor1  2   pred_om -1.7702
2   motor1  2   null    -1.4170', header=T)

dt <- data.table(df)

delta_maker <- function(x) {
  return(x - x[5])
}

dt[, delta := delta_maker(Beta), by = list(ROI, Subject, Block)]

#Subject    ROI Block   Condition    Beta   delta
#1:       1 motor1     1 nopred_noom -2.8653 -0.0936
#2:       1 motor1     1   pred_noom -2.9126 -0.1409
#3:       1 motor1     1   nopred_om -2.8688 -0.0971
#4:       1 motor1     1     pred_om -2.9098 -0.1381
#5:       1 motor1     1        null -2.7717  0.0000
#6:       1 motor1     2 nopred_noom -2.2382 -0.1216
#7:       1 motor1     2   pred_noom -2.0583  0.0583
#8:       1 motor1     2   nopred_om -2.2207 -0.1041
#9:       1 motor1     2     pred_om -2.1928 -0.0762
#10:       1 motor1     2        null -2.1166  0.0000
#11:       1 motor1     3 nopred_noom -1.5992 -0.0368
#12:       1 motor1     3   pred_noom -1.5493  0.0131
#13:       1 motor1     3   nopred_om -1.5230  0.0394
#14:       1 motor1     3     pred_om -1.4851  0.0773
#15:       1 motor1     3        null -1.5624  0.0000
#16:       2 motor1     1 nopred_noom -1.1354  0.0849
#17:       2 motor1     1   pred_noom -1.1614  0.0589
#18:       2 motor1     1   nopred_om -1.2779 -0.0576
#19:       2 motor1     1     pred_om -1.1234  0.0969
#20:       2 motor1     1        null -1.2203  0.0000
#21:       2 motor1     2 nopred_noom -1.5728 -0.1558
#22:       2 motor1     2   pred_noom -1.6614 -0.2444
#23:       2 motor1     2   nopred_om -1.7076 -0.2906
#24:       2 motor1     2     pred_om -1.7702 -0.3532
#25:       2 motor1     2        null -1.4170  0.0000
#Subject    ROI Block   Condition    Beta   delta