Seqfplot：百分比与最常见序列的数量？

Question

我正在使用R软件包TraMineR来计算和分析状态序列。 我想使用命令seqfplot获得序列频率图。但是，不是使用

设置要绘制的最频繁序列的数量

seqfplot(mydata.seq, tlim=1:20)

设置达到的最常见序列的百分比（例如，50％的样本）将是有用的。我试过这个

seqfplot(mydata.seq, trep = 0.5)

但与seqrep.grp和seqrep不同 - trep命令不支持选项seqfplot。我应该创建一个新功能吗？

谢谢。

Answer 1

你是对的，trep参数是TraMineR seqrep函数的一个参数，它寻找的代表序列至少占所有序列的trep百分比。

如果您特别想要最频繁的序列模式，使其累积的百分比频率为50％，那么您必须计算自己的选择过滤器。以下是使用biofam数据的方法。

library(TraMineR)
data(biofam)
bf.seq <- seqdef(biofam[,10:25])

## first retrieve the "Percent" column of the frequency table provided 
## as the  "freq" attribute of the object returned by the seqtab function.

bf.freq <- seqtab(bf.seq, tlim=nrow(bf.seq))
bf.tab <- attr(bf.freq,"freq")
bf.perct <- bf.tab[,"Percent"]

## Compute the cumulated percentages
bf.cumsum <- cumsum(bf.perct)

## Now we can use the cumulated percentage to select
## the wanted patterns
bf.freq50 <- bf.freq[bf.cumsum <= 50,]

## And to plot the frequent patterns
(nfreq <- length(bf.cumsum[bf.cumsum <= 50]))
seqfplot(bf.seq, tlim=1:nfreq)

希望这有帮助。