Question

我有一个FASTA文件，在“description”行中有三个已定义的元素。

定义为dato[0]的第一个元素是必须执行条件的元素，定义为dato[2]的第三个元素是我想要求和的元素。 FASTA描述行是这样的：

PIN4 HOIAQKS02C4SWQ 1761
PIN1 HOIAQKS02D3JZ3 572

我希望将在一行中执行条件dato[2]并在另一行中执行条件dato[0] == PIN1的值（dato[0] == PIN4）相加。

我使用以下代码：

from Bio import SeqIO

secuencias=SeqIO.parse("/Users/imac/Desktop/Pruebas_UniFrac/otu1_alpin1+4.fasta", "fasta")

PIN_records=list(SeqIO.parse("/Users/imac/Desktop/Pruebas_UniFrac/otu1_alpin1+4.fasta", "fasta")

archivo1=open("/Users/imac/Desktop/Pruebas_UniFrac/pruebaalpin1+4_fin.fasta", "w")
archivo2=open("/Users/imac/Desktop/Pruebas_UniFrac/pruebaalpin1+4_seqsotus.fasta", "w")
archivo3=open("/Users/imac/Desktop/Pruebas_UniFrac/pruebaalpin1+4_sumas.fasta", "w")

x = 0
y = x+1
for linea in secuencias:
    dato = linea.description.split(" ")
    seqs = str(linea.seq)

    if dato[0] != "PIN1":
        if dato[0] != "PIN4":
            if dato[0] == "consensus":
               archivo1.write("hacia arriba OTU" + str(y) + "\n" + "x" + "\n" + "x" + "\n")
               archivo2.write(">" + "OTU" + str(y) + "\n" + seqs + "\n")
               archivo3.write("fin del OTU" + "\n")
               y = y+1
        else:
         archivo1.write(str(dato[0]) + "," + str(dato[2]) + "\n")
         #num = int(dato[2])
         #archivo3.write("PIN4=" + str(sum(dato[2])) + "\n")
         #archivo3.write("PIN4=%d\n" % sum(dato[2]))
         archivo3.write("PIN4={}\n".format(sum(dato[2])))
    else:
     archivo1.write(str(dato[0]) + "," + str(dato[2]) + "\n")
     #num = int(dato[2])
     #archivo3.write("PIN1=" + str(sum(dato[2])) + "\n")
     #archivo3.write("PIN1=%d\n" % sum(dato[2]))
     archivo3.write("PIN1={}\n".format(sum(dato[2])))

archivo1.close()
archivo2.close()
archivo3.close()

当我这样做时，我收到此错误消息：

TypeError: unsupported operand type(s) for +: 'int' and 'str'

我该怎么做？

在发表后面的评论后，我已经介绍了我的代码中的更改，但我无法正常工作，我不知道如何解决它。

非常感谢

使用此代码，我收到以下错误：

File "./lectura_msaout_pruebaalpin1+4_final.py", line 16
    archivo1=open("/Users/imac/Desktop/Pruebas_UniFrac/pruebaalpin1+4_fin.fasta", "w")
           ^
SyntaxError: invalid syntax

Answer 1

您的代码有两个主要问题。

您正尝试在字符串数据上调用sum()。
您正在尝试将数值格式化为字符串。

修正总和

您希望对可迭代的数值求和，因为对于字符串值未定义求和。您可以通过在每个值上调用int()将字符串值转换为整数（使用map()函数执行此操作）。

实施例

>>> sum(["1", "2", "3"])
TypeError: unsupported operand type(s) for +: 'int' and 'str'
>>> sum([1, 2, 3])
6
map(int, ["1", "2", "3"])
[1, 2, 3]
>>> sum(map(int, ["1", "2", "3"]))
6

对您的代码的应用

你真的想要总结dato[2]的个位数吗？它看起来像这样：

>>> dato = ['PIN4', 'HOIAQKS02C4SWQ', '1761']
>>> sum(map(int, dato[2]))  # 1 + 7 + 6 + 1
15

修复字符串格式

您不能将整数附加到字符串（请参阅Python String and Integer concatenation）。

解决方案是在连接之前将整数转换为字符串，或者在字符串中格式化整数。在您的情况下，解决方案如下所示：

转换为字符串：

archivo3.write("PIN1=" + str(dato_2_sum) + "\n")

使用字符串格式：

archivo3.write("PIN1=%d\n" % dato_2_sum)

使用newstyle格式：

archivo3.write("PIN1={}\n".format(dato_2_sum)

Answer 2

最后，我通过在'for'循环之外创建计数器并创建一个总和但没有'sum'命令并在'str'和'int'之间进行更改来解决我的问题。我的“差不多完成”的完整代码如下：

#!/usr/bin/python


from Bio import SeqIO



sequences=SeqIO.parse("/Users/imac/Desktop/Pruebas_UniFrac/otu1_alpin1+4.fasta", "fasta")





file1=open("/Users/imac/Desktop/Pruebas_UniFrac/pruebaalpin1+4_fin.fasta", "w")
file2=open("/Users/imac/Desktop/Pruebas_UniFrac/pruebaalpin1+4_seqsotus.fasta", "w")
file3=open("/Users/imac/Desktop/Pruebas_UniFrac/pruebaalpin1+4_sumas.fasta", "w")


numTotalPin1=0
numTotalPin4=0



x=0
y=x+1

for line in sequences:


    data=line.description.split(" ")



    seqs=str(line.seq)


    if data[0]!="PIN1":
        if data[0]!="PIN4":
            if data[0]=="consensus":
               file1.write("upstream OTU" + str(y) + "\n" + "x" + "\n" + "x" + "\n")
               file2.write(">" + "OTU" + str(y) +"\n" + seqs + "\n")
               file3.write("OTU"+ str(y) + "\n")
               file3.write("PIN1=" + str(numTotalPin1) + "\n")
               file3.write("PIN4=" + str(numTotalPin4) + "\n")
               file3.write("end of OTU"+ str(y) + "\n")
               y=y+1
               numTotalPin1=0
               numTotalPin4=0
        else:
         file1.write(str(data[0]) + "," + str(data[2]) + "\n")
         num=int(data[2])
         numTotalPin4=numTotalPin4 + int(data[2])


    else:
     file1.write(str(data[0]) + "," + str(data[2]) + "\n")
     num=int(data[2])
     numTotalPin1=numTotalPin1 + int(data[2])



file1.close()
file2.close()
file3.close()

我希望有人能发现这段代码有用。谢谢你的帮助。

如何在Biopython中的条件下进行求和

我该怎么做？

2 个答案:

修正总和

实施例

对您的代码的应用

修复字符串格式