Question

使用Python 2.7，最新的BioPython和BioSQL在Ubuntu 12.10上运行。

我已经成功建立了基于MySQL的BioSQL服务器，并且我可以正确地将序列加载到系统中（或者它们似乎是正确的 - 表在MySQL中正确填充，而且事情通常没有错误。）

然而 - 当我通过'lookup'检索时，我只能访问DBSeqRecords的id，name和description。应该按需调用注释和功能，但这会使事情崩溃。例如：

 File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/SeqRecord.py", line 595, in __str__
    lines.append("Number of features: %i" % len(self.features))
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/BioSQL/BioSeq.py", line 516, in __get_features
    self._primary_id)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/BioSQL/BioSeq.py", line 280, in _retrieve_features
    feature.location = SeqFeature.FeatureLocation(start, end)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/SeqFeature.py", line 561, in __init__
    raise TypeError(start)
TypeError: 0

知道这里发生了什么吗？

Answer 1

本周我遇到了同样的错误。

功能的开始和结束位置从MySQL检索为long（非int）类型，但SeqFeature.py仅在实例化FeatureLocation时期望int为start和end。我不知道在mysql服务器，MySQLdb，BioSeqDatabase或SeqFeature中发生了什么变化都引发了这个问题。

希望其中一个biopython开发人员能够提供长期解决方案，但这些是临时修复的建议：

尝试使用BioSeqDatabase使用的MySQLdb连接，并使用其connect函数的conv关键字参数更改转换行为（我无法执行此操作）
破解BioSeqDatabase，以便在从MySQL获取值后将start_pos和end_pos转换为int（我还没有这样做）

hack SeqFeature.py在实例化FeatureLocation对象时允许long类型的开始和结束（这就是我所做的）。改变这个：

if isinstance(start, AbstractPosition):
    self._start = start
elif isinstance(start, int):
    self._start = ExactPosition(start)
else:
    raise TypeError(start)
if isinstance(end, AbstractPosition):
    self._end = end
elif isinstance(end, int):
    self._end = ExactPosition(end)
else:
    raise TypeError(end)

到此：

if isinstance(start, AbstractPosition):
    self._start = start
elif isinstance(start, int) or isinstance(start, long):
    self._start = ExactPosition(start)
else:
    raise TypeError(start)
if isinstance(end, AbstractPosition):
    self._end = end
elif isinstance(end, int) or isinstance(end, long):
    self._end = ExactPosition(end)
else:
    raise TypeError(end)

DBSeqRecord无法使用BioPython下的BioSQL访问注释和功能

1 个答案: