R:组XY点群,转换为密度&保存

时间:2013-07-02 05:43:00

标签: r spatial plyr apply density-plot

目标:将一组点群集更改为密度分布。

细节:点聚类很好分离,我对每个采样点的密度值感兴趣(按计数)。我一直在手动转换计数和算法分配分成密度是非常宝贵的。

我不确定如何做到这一点,并且非常愿意接受创意投入!

以下是整个数据集的样子:

> head(markers)
          x        y
1 -494.5768 300.6698
2 -494.4280 300.7582
3 -494.5812 300.8424
4 -494.4000 300.9146
5 -494.8554 300.9102
6 -494.8038 300.9974

https://www.dropbox.com/s/ewcggnp3p29vhjh/datapoints.csv

我想以这种格式获得输出

     x  y density
1    6  1     0.0
2    7  1    17.6
3    8  1    11.2
4   12  1    14.4
5   13  1     0.0
6   14  1     8.0
7   14  2     0.0

x y点会更大,如-494.5768

我认为它必须按照......的方式做点什么。

  1. 计算所有点组合之间的距离
  2. 对距离低于设定阈值的行进行分组
  3. 子集/拆分群集与plyr
  4. 找到群集的平均XY坐标
  5. 将长度(簇)分配给XY点。
  6. 重新组合所有行

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