使用包命名空间在R中进行分层cox回归

时间:2013-07-01 12:43:48

标签: r cox-regression

我正在使用生存方案在R中进行分层的cox回归:

cox <- coxph(response~strata(x), data=data)

这样可以正常工作,但是在使用采样包时,生存包中的分层函数是隐藏的,不能直接使用。

但是,使用显式名称空间survival::strata调用它不会创建分层分析:

library(survival)

# sample data
mort28day <- c(1,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,1,1,0,1,0,0,1,0,1,1,1,1,0,1,1,1,0,0,1)
daysurv <- c(4,29,24,29,29,29,29,19,29,29,29,3,9,29,15,29,29,11,29,5,13,20,22,29,16,21,9,29,29,15)
levo <- c(0,0,0,0,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
acbi30 <- data.frame(mort28day, daysurv, levo)

# create survival object
test.Surv <- Surv(acbi30$daysurv, acbi30$mort28day)

test.surv_fit_1 <- survfit(coxph(test.Surv~strata(levo), data=acbi30))
test.surv_fit_2 <- survfit(coxph(test.Surv~survival::strata(levo), data=acbi30))

所以,

test.surv_fit_1$strata
# levo=0 levo=1 
#    12      3 

test.surv_fit_2$strata
# NULL

为什么会出现这种情况?当sampling::strata隐藏此功能时,我该如何访问此功能(除了分离采样包; - )

我正在使用R版本2.15.2

谢谢,DeltaKappa


更新

作为使用survival :: strata和我做的采样包的解决方法

library(survival)
library(sampling, pos="package:base")

在基本包的正上方加载具有低搜索优先级的采样包。然后我可以做

coxph(test.Surv~strata(levo), data=acbi30)

明确调用sampling::strata

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