Question

您能告诉我如何使用Levenshtein算法通过Java计算DNA序列

Answer 1

由于你没有把它标记为作业，我认为没有必要自己写这篇文章。 Apache's StringUtils has it

Answer 2

以下是the Wikipedia page on Levenshtein distances的算法：

 int LevenshteinDistance(char s[1..m], char t[1..n])
 {
   // d is a table with m+1 rows and n+1 columns
   declare int d[0..m, 0..n]

   for i from 0 to m
     d[i, 0] := i // deletion
   for j from 0 to n
     d[0, j] := j // insertion

   for j from 1 to n
   {
     for i from 1 to m
     {
       if s[i] = t[j] then 
         d[i, j] := d[i-1, j-1]
       else
         d[i, j] := minimum
                    (
                      d[i-1, j] + 1,  // deletion
                      d[i, j-1] + 1,  // insertion
                      d[i-1, j-1] + 1 // substitution
                    )
     }
   }

   return d[m, n]
 }

（我相信你可以通过一些工作来制作java。）

传递两个DNA序列为s和t，它将以int形式返回距离。

Answer 3

我相信这就是你所追求的。如果您愿意，可以删除System.out.println语句。请注意，如果将它们保留，则从打印的内容中省略第一行和第一列。

验证results on the wikipedia page。

public int getLevenshteinDistance(String a, String b)
{
    // d is a table with m+1 rows and n+1 columns
    char[] s = (a).toCharArray();
    char[] t = (b).toCharArray();
    System.out.println(a + " - " + b);
    int m = s.length;
    int n = t.length;
    int[][] d = new int[m + 1][n + 1];

    int i;
    int j;
    for(i = 0; i < (m + 1); i++)
    {
        d[i][0] = i; //deletion
    }

    for(j = 0; j < (n + 1); j++)
    {
        d[0][j] = j; //insertion
    }

    for (j = 1; j < (n + 1); j++)
    {
        for (i = 1; i < (m + 1); i++)
        {
            if (s[i-1] == t[j-1])
            {
                d[i][j] = d[i-1][j-1];
            }
            else
            {
                d[i][j] = Math.min((d[i-1][j] + 1), //deletion
                        (Math.min((d[i][j-1] + 1), //insertion
                        (d[i-1][j-1] + 1)))); //substitution
            }
            System.out.print(" [" + d[i][j] + "]");
        }
        System.out.println("");
    }

    return d[m][n];
}

测试：

    String a = "Saturday";
    String b = "Sunday";
    int d = getLevenshteinDistance(a, b);
    System.out.println(d);
    a = "kitten";
    b = "sitting";
    d = getLevenshteinDistance(a, b);
    System.out.println(d);

Answer 4

Levenshtein的wiki包含算法和结果矩阵的解释。只需将算法作为一种方法实现，然后返回矩阵中的最后一个元素。

Answer 5

复制/粘贴Levenshtein Distance Algorithm中的功能并使用它，如下所示：

 String a = "AAAAAAAAAAAAAAAAAA";
 String b = "AAAAAAAAACTAAAAAAA";

 int d = getLevenshteinDistance(a,b);
 System.out.println(d);

Answer 6

如果您只想计算两个DNA序列之间的差异，您应该使用Damerau–Levenshtein distance而不是常规的Levenshtein距离。

维基百科条目包含一些示例代码，您肯定能够映射到Java代码。

计算DNA序列

6 个答案: