ggplot2使用geom_errorbar和geom_point将点添加到绘图中

Question

我有一个使用ggplot的情节，我想为它添加点和误差条。我正在使用geom_errorbar和geom_point，但我收到一个错误：“提供给连续比例的离散值”，我不知道为什么。下图中的数据标签应保持不变。我只想在现有图表中添加新点。新图形看起来应如下图所示，除了Y轴上每个标签有两个点/ CI条。

以下示例来自lme4包，它使用下面的ggplot生成带置信区间的图（除了最后两行borken代码之外，所有都可以复制）。我的数据不同之处在于它包含大约15个截距而不是6个（这就是我使用scale_shape_manual的原因）。

最后两行代码是我尝试添加积分/置信区间。我要为此付出50美元的赏金。如果我不清楚，请告诉我。谢谢！

library("lme4")
data(package = "lme4")

# Dyestuff 
# a balanced one-way classiï¬cation of Yield 
# from samples produced from six Batches

summary(Dyestuff)             

# Batch is an example of a random effect
# Fit 1-way random effects linear model
fit1 <- lmer(Yield ~ 1 + (1|Batch), Dyestuff) 
summary(fit1)
coef(fit1) #intercept for each level in Batch 


randoms<-ranef(fit1, postVar = TRUE)
qq <- attr(ranef(fit1, postVar = TRUE)[[1]], "postVar")

rand.interc<-randoms$Batch

#THESE ARE THE ADDITIONAL POINTS TO BE ADDED TO THE PLOT
Inter <- c(-25,-45,20,30,23,67)
SE2 <- c(20,20,20,20,20,20)

df<-data.frame(Intercepts=randoms$Batch[,1],
           sd.interc=2*sqrt(qq[,,1:length(qq)]), Intercepts2=Inter, sd.iterc2=SE2,
           lev.names=rownames(rand.interc))

df$lev.names<-factor(df$lev.names,levels=df$lev.names[order(df$Intercepts)])

library(ggplot2)
p <- ggplot(df,aes(lev.names,Intercepts,shape=lev.names))

#Added horizontal line at y=0
#Includes first set of points/confidence intervals.  This works without error
p <- p + geom_hline(yintercept=0) +geom_errorbar(aes(ymin=Intercepts-sd.interc, ymax=Intercepts+sd.interc), width=0,color="black") + geom_point(aes(size=2)) 

#Removed legends and with scale_shape_manual point shapes set to 1 and 16
p <- p + guides(size=FALSE,shape=FALSE) + scale_shape_manual(values=c(16,16,16,16,16,16))

#Changed appearance of plot (black and white theme) and x and y axis labels
p <- p + theme_bw() + xlab("Levels") + ylab("")

#Final adjustments of plot
p <- p + theme(axis.text.x=element_text(size=rel(1.2)),
           axis.title.x=element_text(size=rel(1.3)),
           axis.text.y=element_text(size=rel(1.2)),
           panel.grid.minor=element_blank(),
           panel.grid.major.x=element_blank())

#To put levels on y axis you just need to use coord_flip()
p <- p+ coord_flip()
print(p)

#####
# code for adding more plots, NOT working yet
p <- p +geom_errorbar(aes(ymin=Intercepts2-sd.interc2, ymax=Intercepts2+sd.interc2), 
                    width=0,color="gray40", lty=1, size=1) 

p <- p + geom_point(aes(Intercepts2, lev.names),size=0,pch=7)

Answer 1

首先，在您的数据框df和geom_errorbar()中，有两个不同的变量sd.iterc2和sd.interc2。已在df更改为sd.interc2。

对于geom_point()的最后一行，您会收到错误，因为x和y值的顺序错误。当您使用coord_flip()时，x和y值应与coord_flip()之前的原始图表中的顺序相同，即lev.names为{ {1}}，x为Intercepts2。为了更好地说明，还将y更改为5.

size=

更新 - 添加图例

要为拦截类型的点添加图例，一个选项是将数据重新整形为长格式并添加具有拦截类型的新列。对现有数据的其他选择是，首先从+ geom_point(aes(lev.names,Intercepts2),size=5,pch=7) 电话中删除shape=lev.names。然后，在ggplot()次调用中，在geom_point()内添加shape="somename"。然后使用aes()设置您需要的形状值。

scale_shape_manual()