R统计包:包装GOFrame对象

时间:2009-11-12 12:49:06

标签: r statistics bioinformatics bioconductor

我正在尝试生成GOFrame对象,以便在R中为不支持的生物体生成基因本体映射(参见http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GOstats/inst/doc/GOstatsForUnsupportedOrganisms.pdf)。

然而,按照说明字面上并没有帮助我。 这是我执行的代码(在ubuntu koala 64位上为R 2.9.2)

library("AnnotationDbi")
library("org.Hs.eg.db")
frame = toTable(org.Hs.egGO)
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id)
goFrame = GOFrame(goframeData, organism = "Homo sapiens")

然而,当我尝试将我的数据帧映射到goFrame对象时,我得到了这个错误

Error: could not find function "GOFrame"

我很确定GOFrame包装器在AnnotationDBI库中,所以我很困惑。 任何帮助都是额外的赞赏: - )

2 个答案:

答案 0 :(得分:2)

我认为这是你的R版本。自最新版本以来,描述了GOFrame包装在bioconductor AnnotationDBI中得到支持。

我刚尝试过,它适用于R 2.10.0

享受!

答案 1 :(得分:1)

根据package descriptionGo.db包只是建议而不是依赖。因此,一个简单的

 library(GO.db)

似乎是你需要做的。