如何在条形图中绘制表格的摘要

Question

我有一张SNP表和相应基因的信息：基因ID，基因类型和基因名称：

          SNP            Gene ID         Gene type      Gene Name
1    rs10876864 ENSG00000123411.10    protein_coding          IKZF4
2    rs10876864 ENSG00000123411.10    protein_coding          IKZF4
3    rs10876864 ENSG00000123411.10    protein_coding          IKZF4
4    rs10876864 ENSG00000123411.10    protein_coding          IKZF4
5   CNVR2845.57  ENSG00000196126.6    protein_coding       HLA-DRB1
6   CNVR2845.57  ENSG00000196126.6    protein_coding       HLA-DRB1
7   CNVR2845.57  ENSG00000196126.6    protein_coding       HLA-DRB1
8   CNVR2845.57  ENSG00000196126.6    protein_coding       HLA-DRB1
9     rs6030897  ENSG00000201372.1             snRNA             U6
10    rs6030897  ENSG00000201372.1             snRNA             U6
11    rs6030897  ENSG00000201372.1             snRNA             U6

我想绘制SNP总数的条形图，以查看有多少SNP是蛋白质编码或snRNA等。

到目前为止，这是我的代码：

barplot(as.matrix(data1), main="SNP", xlab="Gene type", ylab= "Total SNP",     names.arg=c("protein_coding","snRNA","pseudogene","antisense","lincRNA",""), border="blue", density=c(10, 20, 30, 40, 50))

但是我收到一个错误说：

Error in barplot.default(as.matrix(data1), main = "SNP", xlab = "Gene type",  :      incorrect number of names
In addition: Warning messages:
1: In apply(height, 2L, cumsum) : NAs introduced by coercion
2: In apply(height, 2L, cumsum) : NAs introduced by coercion
3: In apply(height, 2L, cumsum) : NAs introduced by coercion
4: In apply(height, 2L, cumsum) : NAs introduced by coercion

Answer 1

1. 您有四列，并提供 5 names.arg
2. 密度相同，但仅此一项不会出现错误......

3. 根据barplot，名为height的{​​{1}}的第一项应为：

   高度
   或者是描述组成图的条的值的向量或矩阵。如果height是一个向量，则该图由一系列矩形条组成，其高度由向量中的值给出。如果height是一个矩阵，旁边是FALSE，那么图的每个条对应一个高度列，，列中的值给出 高度堆积的子条组成了横杆。如果height是一个矩阵，旁边是TRUE， 然后每列中的值并列而不是堆叠。

你有角色列，你期望什么:-)？在绘制数据之前，你需要做一些摘要统计......比如

?barplot

但我建议看一看其他更好的方法，显然在barplot(table(df$Gene_type, df$SNP))包可以自动完成。