Question

我一直在尝试让我的Perl程序一次一个文件地对PDB数据库进行排序。我需要的是一个程序，它读取文件，进行一些模式匹配，并根据结果，将文件移动到适当的文件夹而不更改文件名。到目前为止，我已经想出了这个：

#!/usr/bin/perl
use File::Basename;

@files = <top8000/rands/*> ; 
$file = 0;
$count = 1; 
while ( open (FILE, $files[$file]) )
{
    while (  $FILEREAD = <FILE> ) 
    {
        if ( $FILEREAD =~ "pattern" ) 
        {
            $count++;        
        };
    };
    $string ="$files[$file]";
    $filename = fileparse($string);
    if ($count >=2 ) {
        rename ( $files[$file] , "top8000/randsort/$filename.txt" );
    };
    $count = 1;
    $file++;
};

我知道我应该在my和$string变量之前使用$filename，但是我的程序没有运行它，我真的不明白什么它确实。除此之外，我无法弄清楚我的程序有什么问题。非常感谢任何帮助。

Answer 1

嗯，你似乎让自己变得复杂。我猜你现在的问题是你正在尝试重命名一个仍然可以阅读的文件。作为一般规则，您应该始终检查所有文件交互的返回值，如下所示：

open my $fh, "<", $file or die "Cannot open file: $!";
rename $old, $new or die "Cannot rename: $!";

因为一般来说这种错误通常应该被认为是致命的。

使用一些内置功能可以大大简化您的程序：

use strict;
use warnings;  # always use these two
use File::Copy qw(move);

@ARGV = <top8000/rands/*.txt> unless @ARGV;  # default args    
my $outdir = "top8000/randsort";

while (<>) {           # read through the files
    if (/pattern/) {   # check each line
        close ARGV;    # close the file handle
        move $ARGV, $outdir or die "Cannot move $ARGV: $!";
    }
}

如您所见，使用File::Copy模块时无需指定文件名：如果目标地址是文件夹，则使用旧名称。

我们正在使用菱形运算符<>，它在使用时使用标准输入STDIN文件句柄，或者 - 在我们的例子中 - 打开并读取作为{{1}中脚本的参数给出的文件}。因为这是Perl，我们可以做我们想做的事情，如果没有，就放入默认参数。

因为您的计数检查了一次或多次点击，这实际上与在第一次匹配时移动文件相同，那么为什么不这样做呢？只需确保先关闭文件！在这种情况下，文件句柄是@ARGV。这也会跳到ARGV中的下一个文件，这对我们来说非常方便。文件名包含在@ARGV中，我们无需进一步操作，因此我们不再需要$ARGV模块。

File::Basename是Perl 5中的核心模块，因此无需安装。

使用perl对PDB文件进行排序

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