Question

我有一个Python列表的字典如下（来自sqlite3行工厂）：

obs = [{'ave': 0.027, 'pap': 0.277}, 
{'ave': 0.29, 'pap': 0.333}, 
{'ave': 0.25, 'pap': 0.5}]

我想将此转换为R data.frame，以便将其与rpy2（版本2.3.6）一起使用，以便它看起来像这样

    ave   pap  

1 0.027 0.277 
2 0.29  0.333
3 0.25  0.5

我可以将单个“行”转换为data.frame，如下所示：

robjects.DataFrame(obs[0])

    ave   pap 

1 0.027 0.277

使用robjects.DataFrame(obs)不起作用... ValueError：obj可以是iter-able类的实例（例如Python dict，rpy2.rlike.container OrdDict或rpy2.rinterface.SexpVector的实例）类型VECSXP

我还尝试使用rpy2.rlike.container.OrdDict(obs)将其转换为OrdDict，但得到了ValueError：要解压的值太多

我认为有很多不同的技术可以实现这一点，而rpy2和Python中的众多数据结构让我感到困惑。

Answer 1

[回答问题和接受的答案]

创建R数据帧并附加它们会在obs变大时导致性能问题。解决这个问题的一种方法是在Python中“转置”结果。

# "transpose" the data structure in Python
from collections import defaultdict
d = defaultdict(list)
for row in obs:
    for colname in row:
        d[colname].append(row[colname])

# Assuming that all data are floats
# (if not the case a mapping between SQLite3 types and R vector types is needed)
for rpy2.robjects.vectors import FloatVector
for colname in d:
    d[colname] = FloatVector(d[colname])

# data frame
from rpy2.robjects import DataFrame
dataf = DataFrame(d)

Answer 2

我实际上找到了一个答案（这可能不是最有效但对我有用的）：

在Python中：

df = robjects.DataFrame(obs[0])
for ob in obs[1:]:
    df = df.rbind(robjects.DataFrame(ob))

如果某人有更好，更优雅，更有效的解决方案，欢迎他/她发布。

Rpy2：如何将字典列表转换为R数据帧

2 个答案: