Question

我正在尝试计算Rosalind问题的DNA序列的GC含量（以％表示）。我有以下代码，但它返回0，或仅返回G的数量或单独的C（无百分比）。

x = raw_input("Sequence?:").upper()
total = len(x)
c = x.count("C")
g = x.count("G")

gc_total = g+c

gc_content = gc_total/total

print gc_content

我也试过这个，只是为了得到G和C的计数，而不是百分比，但它只返回整个字符串的计数：

x = raw_input("Sequence?:").upper()
def gc(n):
    count = 0
    for i in n:
        if i == "C" or "G":
            count = count + 1
        else:
            count = count
    return count
gc(x)

编辑：我在第一个代码示例中修复了print语句中的拼写错误。这不是问题，我只是粘贴了错误的代码片段（有很多尝试......）

Answer 1

您的问题是您正在执行整数除法，而不是浮点除法。

尝试

gc_content = gc_total / float(total)

Answer 2

不应：

print cg_content

阅读

打印gc_content？

至于其他代码片段，你的循环说

如果i ==“C”或“G”：

每次将“G”评估为true，从而将if语句作为true运行。

相反，应该阅读

如果i ==“C”或i ==“G”：

此外，您不需要其他声明。

希望这会有所帮助。让我们知道它是怎么回事。

Abdul Sattar

Answer 3

您还需要将答案乘以100才能将其转换为百分比。

Answer 4

#This works for me.

import sys

filename=sys.argv[1]

fh=open(filename,'r')

file=fh.read()
x=file
c=0
a=0
g=0
t=0

for x in file:
    if "C" in x:
        c+=1    
    elif "G" in x:
        g+=1
    elif "A" in x:
        a+=1    
    elif "T" in x:
        t+=1

print "C=%d, G=%d, A=%d, T=%d" %(c,g,a,t)

gc_content=(g+c)*100/(a+t+g+c)

print "gc_content= %f" %(gc_content)

Answer 5

import sys
orignfile = sys.argv[1]
outfile = sys.argv[2]

sequence = ""
with open(orignfile, 'r') as f:
    for line in f:
        if line.startswith('>'):
            seq_id = line.rstrip()[0:]
        else:
            sequence += line.rstrip()
GC_content = float((sequence.count('G') + sequence.count('C'))) / len(sequence) * 100
with open(outfile, 'a') as file_out:
    file_out.write("The GC content of '%s' is\t %.2f%%" % (seq_id, GC_content))

Answer 6

也许为时已晚，但使用Bio会更好

#!/usr/bin/env python

import sys
from Bio import SeqIO

filename=sys.argv[1]

fh= open(filename,'r')

parser = SeqIO.parse(fh, "fasta")

for record in parser:
    c=0
    a=0
    g=0
    t=0
    for x in str(record.seq):
        if "C" in x:
            c+=1    
        elif "G" in x:
            g+=1
        elif "A" in x:
            a+=1    
        elif "T" in x:
            t+=1
gc_content=(g+c)*100/(a+t+g+c)

print "%s\t%.2f" % (filename, gc_content)

初学Python脚本，用于计算DNA序列中的GC含量

6 个答案: