Question

我使用热图2来生成热图，我想在不同的数据集中重复使用相同的颜色范围/键。

例如，我正在重复相同的实验，但在一次运行中，我的数据点在[0, 10]范围内，而另一方面，数据点在[0, 20]范围内。目前，热图会将red->white映射到[0, 10]和[0, 20]，具体取决于数据集。

有没有什么方法可以在我的所有热图中使用“绝对”颜色范围，这样相同的颜色对我的所有热图都代表相同的值？

谢谢。

Answer 1

要在不同的热图中重复使用颜色范围，您应该明确指定颜色范围内的中断。您没有提供可重现的示例，因此这是一个通用示例：

library("gplots")
breaks = c(seq(-5, 0, length.out=128), 
           seq(0, 3, length.out=128))
heatmap.2(hm_data, dendrogram='row', Colv=FALSE,
              col=bluered(255), key=TRUE, labRow=row_names,
              breaks=breaks, symkey=FALSE, density.info="none", 
              trace="none", cexRow=0.5, cexCol=0.75)

重复使用热图上的颜色键

1 个答案: