奇怪的jags.parallel错误/避免函数调用中的惰性求值

时间:2013-05-23 20:12:39

标签: r lazy-evaluation jags r2jags jags.parallel

我有一个函数调用(到jags.parallel),当给定像n.iter = 100这样的数字参数时,它会起作用,但当参数使用变量值n.iter = n.iter时失败。这似乎可能是jags.parallel

中的错误

错误的最小可重现示例:

    library(R2jags)
    model.file <- system.file(package="R2jags", "model", "schools.txt")
    J <- 8.0
    y <- c(28.4,7.9,-2.8,6.8,-0.6,0.6,18.0,12.2)
    sd <- c(14.9,10.2,16.3,11.0,9.4,11.4,10.4,17.6)    
    jags.data <- list("y","sd","J")
    jags.params <- c("mu","sigma","theta")
    jags.inits <- function(){
      list("mu"=rnorm(1),"sigma"=runif(1),"theta"=rnorm(J))
    }

然后这个有效:

    jagsfit.p <- jags.parallel(data=jags.data, inits=jags.inits, jags.params, 
                               n.iter=5000, model.file=model.file)

但这不是:

     n.iter=5000
    jagsfit.p <- jags.parallel(data=jags.data, inits=jags.inits, jags.params,
                               n.iter=n.iter, model.file=model.file)

给出错误:

Error in checkForRemoteErrors(lapply(cl, recvResult)) : 
  3 nodes produced errors; first error: object 'n.iter' not found

我认为这与未将变量n.iter导出到集群有关,但不清楚并行引擎jags.parallel使用的是什么。在将n.iter传递给函数之前,有没有办法欺骗R来评估{{1}}?

1 个答案:

答案 0 :(得分:3)

在这样的情况下,

do.call()是一个很棒的朋友,因为(来自?do.call):

  

如果&#39;引用&#39;是&#39; FALSE&#39;,默认值,然后是参数    评估(在呼叫环境中,不在&#39; envir&#39;)。

我确认以下情况有效,通过结果对象的打印方式显示的所有数字生成与jagsfit.p匹配的结果:

jagsfit.p2 <- do.call(jags.parallel, 
                      list(data=jags.data, inits=jags.inits, jags.params,
                           n.iter=n.iter, model.file=model.file))