我正在尝试在R中创建具有变量值的2个热图。我希望缩放颜色和值，以便两个热图的值可比较。现在我正在使用gplot包中的heatmap.2。
MyHeatMap <- heatmap.2(MyData, trace="none", col=greenred)
我的数据来自数字矩阵。我有两个这样的矩阵，其值的数值范围略有不同，我想为两者创建高质量的热图（不一定要使用样本包）。
答案 0 :(得分：6)
我在自己的分析中已经多次遇到过这个问题，以下是我建议如何处理它。
首先，将您的绿色变量设置为256绿色（256）。
然后，创建一个中断变量，其中包含您希望为这两个热图分割这256种颜色的数字范围（长度将比颜色矢量的长度多一个）。因此，举例来说，如果您希望传播分别从-1到1从绿色变为红色，那么您可以这样做
pairs.breaks = seq(from=-1,to=1,length.out=257)
然后，在调用热图时，请使用
MyHeatMap1 <- heatmap.2(MyData1, trace="none", col=greenred(256), breaks=pairs.breaks)
MyHeatMap2 <- heatmap.2(MyData2, trace="none", col=greenred(256), breaks=pairs.breaks)
这应该产生两个热图，其中不同的数据集使用相同的色标。
希望这有帮助！
罗恩