R devel：警告：找到'append'的多个方法表

Question

我正在维护一个最近在R CMD check packagename期间发出以下警告的R包：

** testing if installed package can be loaded Warning: multiple methods tables found for ‘append’

（该软件包名为phyloseq，当前导致此问题的分支是here）

精制子请求：

1. • 所以“多个方法表”部分，这似乎意味着我有两个依赖包，其中append方法的调度发生冲突。正确？
2. • 我在这个包中没有名为"append"的函数/方法，并且不导入任何函数/方法。
3. • 我能够通过简单地同时加载R中的两个包来重现新R会话中的警告消息，其中一个（RJSONIO）是二级依赖 - 通过它我的意思是我的一个依赖项（biom）取决于它，但不是我的： library("RJSONIO");library("Biostrings")

在R会话中抛出警告：

multiple methods tables found for ‘append’

当然，append导出在RJSONIO和Biostrings的NAMESPACE文件中。我不明白为什么这会在加载我的包时引起问题。我直接依赖的包（Biostrings-2.28.0，biom-0.3.8）没有完全导入 - 当然不会导入任何append方法。这场冲突怎么可能出现呢？

解决方法：

如果我将Biostrings更新为“devel”版本2.29.2，那么警告似乎就会消失。但是，大多数用户都不会这样做，我仍然想了解这种碰撞是如何实现的，因为我从这些包中专门导入了函数和类，而不是完整的Import或Depends