R中有吸引力的3D情节

Question

我正在撰写提案并需要一个类似于此的3D图：

但最好更有吸引力。我需要每个点的大小来反映物种的丰度以及通过连接点创建的体积轮廓。

示例数据：

input<-data.frame(
label=c("sp1","sp2","sp3","sp4"),
trait_x=c(6,6,6,1),
trait_y=c(7,7,7,1),
trait_z=c(8,8,8,1),
point_size=c(6,7,8,1)
)
input
  label trait_x trait_y trait_z point_size
1   sp1       6       7       8        6
2   sp2       6       7       8        7
3   sp3       6       7       8        8
4   sp4       1       1       1        1

关于如何使这样的图表更具吸引力的任何建议（可能包括网格线？但我不希望轴上有任何数字）

我和scatterplot3d一起玩过，但它并没有绘制我的所有观点，而且我个人觉得这个立方体有一种奇怪的外观......就像它不太准确......

library(scatterplot3d)
x<-input$trait_x
y<-input$trait_y
z<-input$trait_z
scatterplot3d(x,y,z,xlim=c(0,10),ylim=c(0,10),zlim=c(0,10))

Answer 1

这可以让您开始使用包rgl。注意：在重新阅读时，我看到我使用的xyz坐标与你的有点不同，但概念是一样的。

input<-data.frame( # I adjusted the values for better appearance in demo
label=c("sp1","sp2","sp3","sp4"),
trait_x=c(6,7,11,1),
trait_y=c(10,7,9,1),
trait_z=c(4,7,6,1),
point_size=c(6,7,8,1)
)
names(input) <- c("name", "x", "y", "z", "radius")
input$radius <- input$radius*0.2

require("rgl")

spheres3d(input[,2:4], radius = input[,5], col = c("red", "green", "blue", "orange"), alpha = 0.5)
axes3d(box = TRUE)
title3d(xlab = "x_trait", ylab = "y_trait", zlab = "z_trait")
text3d(input[1,2:4], texts = "species X")
# next line is clunky but you can do it more elegantly
segs <- rbind(input[1:2,2:4], input[2:3,2:4], input[3:4,2:4], input[c(4,1),2:4])
segments3d(segs)

现在，您可以以交互方式旋转图表，然后使用rgl.snapshot获取硬拷贝（使用spheres3d中的antialias参数将改进图表）。