Question

我正在尝试解决为什么我的.libPath在命令行R和RStudio 桌面之间有所不同（注意：这是不的副本this question因为该修复涉及特定于RStudio 服务器的内容，而我没有。）

当我在命令行（linux）上使用R时：

> .libPaths()
[1] "/home/mathematicalcoffee/R/library"  "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"             "/usr/lib/R/library"

当我使用RStudio 桌面（linux，同一台机器）时：

[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"       "/usr/lib/R/library"            "/usr/lib/rstudio/R/library"

现在我已在我的bash配置文件中将$R_LIBS_USER设置为~/R/library，因此R-command-line选择它作为我首选的libPath。

当我这样做时，问题出现在RStudio桌面上：

Sys.getenv('R_LIBS_USER')
# "~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15"

那么为什么RStudio Desktop改变了我的R_LIBS_USER？我怎样才能改回来？（我不使用.Rprofile文件）。（在我上面链接的问题中，RStudio Server的解决方案是修改/etc/rstudio/rsession.conf，但我没有那个，因为我有RStudio桌面。而且，我相信RStudio应该尊重我的R_LIBS_USER环境变量。）

Answer 1

你写道：

现在我在我的bash配置文件中将$ R_LIBS_USER设置为〜/ R / library，

您是否偶然从gui图标调用RStudio，即不调用您的~/.bash_profile？也许你可以尝试调用一个包装器而不是设置它？

对于它的价值，.libPaths()在RStudio桌面和服务器下返回相同的内容（虽然服务器附加其内部目录），R在命令行上返回，并通过ESS返回给我。

编辑：一般来说，请阅读help(Startup)，这将耗费时间。 @flodel的评论非常合适。如果您在系统级别始终处理此问题，则始终可以在系统级别（通过Renviron和Renviron.site）或通过~/R/目录转到R。

Answer 2

只是在这里记录一下，以防万一有人发现它有用，根据ArchWiki，我们可以在〜/ .Renviron中定义R_LIBS_USER，我认为这是为R定义特定变量的一种更方便的方法。

rstudio命令行R的不同库路径（`$ R_LIBS_USER`）

2 个答案: