通过内部的数据序列重新排序矩阵行

时间:2013-03-27 22:31:45

标签: r matrix igraph

问:我有一张erdos.reyni图。我感染了一个顶点,想看看疾病将遵循什么样的顶点序列? igraph有很多函数,比如get.adjacency(),neighbor。

这是具有顶点名称而不是0,1标志的邻接矩阵,我正试图从它中获取传染链。如果某个顶点被感染,就像通过图表的流行病的流/序列一样。我们不要担心这里的感染概率(假设所有顶点被感染的概率为1)。

假设我点击了顶点1(这里是第1行)。我们看到它有到顶点4,5,18,22,23,24,25的外向链接。那么接下来的顶点将是那些连接到4,5,18 ... 25的顶点,即第4行,第5行,第18行,......第25行中的那些值。然后,根据该模型,疾病将通过这些等等。

我知道我可以传递一个字符串来排序矩阵行。我的问题是,我无法弄清楚如何生成该序列。

矩阵看起来像这样。

    > channel
      [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
 [1,]    4    5   18   22   23   24   25   NA
 [2,]    6   10   11   18   25   NA   NA   NA
 [3,]    7   11   18   20   NA   NA   NA   NA
 [4,]   24   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA
 [5,]    1    3    9   13   14   NA   NA   NA
 [6,]    3    8    9   14   19   23   NA   NA
 [7,]    3    4    8   15   20   22   NA   NA
 [8,]    2    3   25   NA   NA   NA   NA   NA
 [9,]    3    4   11   13   20   NA   NA   NA
[10,]    4    5    8   15   19   20   21   22
[11,]    3   13   15   18   19   23   NA   NA
[12,]   11   13   16   NA   NA   NA   NA   NA
[13,]    4    6   14   15   16   17   19   21
[14,]    2    6   13   NA   NA   NA   NA   NA
[15,]    3   17   20   NA   NA   NA   NA   NA
[16,]    6   15   18   23   NA   NA   NA   NA
[17,]    2   25   NA   NA   NA   NA   NA   NA
[18,]    2    5   NA   NA   NA   NA   NA   NA
[19,]    3   11   NA   NA   NA   NA   NA   NA
[20,]    1    4    7   10   12   21   22   25
[21,]    2    4    6   13   14   16   18   NA
[22,]    1    3    4   15   23   NA   NA   NA
[23,]    1   16   24   NA   NA   NA   NA   NA
[24,]    7    8   19   20   22   NA   NA   NA
[25,]    7   12   13   17   NA   NA   NA   NA

我想根据选择标准对此矩阵进行重新排序,如下所示:

R会是最有帮助的(但我对算法很感兴趣,所以任何python,ruby等都会很棒)。结果向量的长度为115(8x25 = 200 - 85 NAs = 115)。看起来像这样。这基本上是如果顶点1被感染,疾病将如何传播。

4,5,18,22,23,24,25,24,1,3,9,13,14,2,5,1,3,4,15,23,1,16,24,7,8,19,20,22,7,12,13,17,7,8,19,20,22, 4,5,18,22,23,24,25,7,11,18,20...

到目前为止我所知道的:  1. R有一个包**igraph**,可以让我计算邻居(graph, vertex, "out")  2.同一个包也可以生成get.adjlist(graph...), get.adjacency

0 个答案:

没有答案