问:我有一张erdos.reyni图。我感染了一个顶点,想看看疾病将遵循什么样的顶点序列? igraph有很多函数,比如get.adjacency(),neighbor。
这是具有顶点名称而不是0,1标志的邻接矩阵,我正试图从它中获取传染链。如果某个顶点被感染,就像通过图表的流行病的流/序列一样。我们不要担心这里的感染概率(假设所有顶点被感染的概率为1)。
假设我点击了顶点1(这里是第1行)。我们看到它有到顶点4,5,18,22,23,24,25的外向链接。那么接下来的顶点将是那些连接到4,5,18 ... 25的顶点,即第4行,第5行,第18行,......第25行中的那些值。然后,根据该模型,疾病将通过这些等等。
我知道我可以传递一个字符串来排序矩阵行。我的问题是,我无法弄清楚如何生成该序列。
矩阵看起来像这样。
> channel
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
[1,] 4 5 18 22 23 24 25 NA
[2,] 6 10 11 18 25 NA NA NA
[3,] 7 11 18 20 NA NA NA NA
[4,] 24 NA NA NA NA NA NA NA
[5,] 1 3 9 13 14 NA NA NA
[6,] 3 8 9 14 19 23 NA NA
[7,] 3 4 8 15 20 22 NA NA
[8,] 2 3 25 NA NA NA NA NA
[9,] 3 4 11 13 20 NA NA NA
[10,] 4 5 8 15 19 20 21 22
[11,] 3 13 15 18 19 23 NA NA
[12,] 11 13 16 NA NA NA NA NA
[13,] 4 6 14 15 16 17 19 21
[14,] 2 6 13 NA NA NA NA NA
[15,] 3 17 20 NA NA NA NA NA
[16,] 6 15 18 23 NA NA NA NA
[17,] 2 25 NA NA NA NA NA NA
[18,] 2 5 NA NA NA NA NA NA
[19,] 3 11 NA NA NA NA NA NA
[20,] 1 4 7 10 12 21 22 25
[21,] 2 4 6 13 14 16 18 NA
[22,] 1 3 4 15 23 NA NA NA
[23,] 1 16 24 NA NA NA NA NA
[24,] 7 8 19 20 22 NA NA NA
[25,] 7 12 13 17 NA NA NA NA
我想根据选择标准对此矩阵进行重新排序,如下所示:
R会是最有帮助的(但我对算法很感兴趣,所以任何python,ruby等都会很棒)。结果向量的长度为115(8x25 = 200 - 85 NAs = 115)。看起来像这样。这基本上是如果顶点1被感染,疾病将如何传播。4,5,18,22,23,24,25,24,1,3,9,13,14,2,5,1,3,4,15,23,1,16,24,7,8,19,20,22,7,12,13,17,7,8,19,20,22, 4,5,18,22,23,24,25,7,11,18,20...
到目前为止我所知道的:
1. R有一个包**igraph**
,可以让我计算邻居(graph, vertex, "out")
2.同一个包也可以生成get.adjlist(graph...), get.adjacency