ImageJ，使用校准将图像校准到物理尺度？

Question

我希望能够将图像校准到物理距离，这样我就可以将图像裁剪到物理距离，而不是将像素数量裁剪到。 我在ImageJ API中看过Calibration类，我可以设置校准来设置像素尺寸，并通过设置Xorigin和Yorigin变量来说明图像的原点。

如果我的图像不包含原点或者如果一个像素描述原点，即两个像素可以从-0.3cm到0和0到+ 0.3cm运行怎么办。

有没有办法告诉ImageJ，即“左上角像素在物理空间中是（-200mm，200mm）？”

Answer 1

在ImageJ用户界面中，您可以使用“属性”对话框（在“图像”菜单下方）分配与图像关联的物理尺寸和原点。原点始终以像素表示，但由于您知道每个像素的物理宽度和高度，因此很容易使用除法从您想要的物理空间转换回像素。

由于您提到了Calibration类，我认为您正在寻找Java解决方案。以下代码演示了您的需求：

double mmPerPixelX = 5.2;
double mmPerPixelY = 6.3;
double mmOriginX = -200.0;
double mmOriginY = 200.0;

ImagePlus imp = IJ.getImage();
Calibration cal = imp.getCalibration();
cal.setUnit("mm");
cal.pixelWidth = mmPerPixelX;
cal.pixelHeight = mmPerPixelY;
cal.xOrigin = -mmOriginX / mmPerPixelX;
cal.yOrigin = -mmOriginY / mmPerPixelY;

您还可以使用Fiji script editor将此代码作为Beanshell脚本执行。