我正在尝试使用R中的parallel
包进行并行操作而不是doSNOW
,因为它是内置的,表面上是R Project想要的方式。我做错了,但我不能确定。以此为例:
a <- rnorm(50)
b <- rnorm(50)
arr <- matrix(cbind(a,b),nrow=50)
aaply(arr,.margin=1,function(x){x[1]+x[2]},.parallel=F)
这很好用,产生了我的两列的总和。但是,如果我尝试引入并行包:
library(parallel)
nodes <- detectCores()
cl <- makeCluster(nodes)
setDefaultCluster(cl)
aaply(arr,.margin=1,function(x){x[1]+x[2]},.parallel=T)
它会抛出错误
2: In setup_parallel() : No parallel backend registered
3: executing %dopar% sequentially: no parallel backend registered
我初始化后端是错误的吗?
答案 0 :(得分:23)
尝试此设置:
library(doParallel)
library(plyr)
nodes <- detectCores()
cl <- makeCluster(nodes)
registerDoParallel(cl)
aaply(ozone, 1, mean,.parallel=TRUE)
stopCluster(cl)
由于我从未使用plyr
进行并行计算,因此我不知道为什么会发出警告。结果无论如何都是正确的。
答案 1 :(得分:-2)
aaply
州的文档
.parallel:if'TRUE',并行应用函数,并行使用 foreach提供的后端
因此,您可能需要使用foreach
包而不是parallel
包。