Question

我有一个像这样的文件名列表：

T0rain.Zfp691_0895.2_v2_deBruijn.txt
Train.Hbp1_2241.2_v2_deBruijn.txt
Train.Zfp740_0925.2_v2_deBruijn.txt
Train.Hbp1_2241.3_v1_deBruijn.txt
Train.Zfp740_0925.3_v1_deBruijn.txt
Train.Hic1_2816.2_v1_deBruijn.txt
Train.Zic1_0991.2_v1_deBruijn.txt

我想提取Train之间的所有名字。和_像这样：

Zfp691
Hbp1
Zfp740
Hbp1
zfp740
Hic1
Zic1

我还有另一个文件列表：

Zfp691.pwm.txt
Hbp1.pwm.txt
Zfp740.pwm.txt
Hbp1.pwm.txt
zfp740.pwm.txt
Hic1.pwm.txt
Zic1.pwm.txt
Zic1.pwm.RC.txt

我想提取所有匹配的案例，例如：

Train.Zic1_0991.2_v1_deBruijn.txt匹配Zic1.pwm.txt和Zic1.pwm.RC.txt

这些输出参数传递给我的R脚本。因此SH脚本应该返回arguments =

$i (Train.Zic1_0991.2_v1_deBruijn.txt) +  $j Zic1.pwm.txt
$i (Train.Zic1_0991.2_v1_deBruijn.txt) +  $j Zic1.pwm.RC.txt

我不知道这是否可行。我开始尝试这个：

#!/bin/bash

for i in input/*/testtrain/Train*deBruijn.txt
do
    $i 
done

for j in input/All_PWMs/*/*.txt
do
    $j 
done

echo qsub script3.sh $i $j

这里我尝试给script3.sh提供参数，但这只返回1个组合。有人提示还是提示？比如如何匹配/ grep这些名字。或者通过参数传递的不同方式。

Script3.sh用于在linux命令行中调用R.所以args只是通过这个文件来调用一个带有debruijn和pwm组合的R作业。

r脚本需要1个debruijn.txt和1个pwm.txt才能计算出我需要的值。因此，对于此示例，我将获得2种组合：

debruijn.txt and pwm1.txt   -----> pass the args to R as combination 1
debruijn.txt and pwm2.txt   -----> pass the args to R as combination 2

Answer 1

的Perl：

#!/usr/bin/perl

@files=glob("*.*_*");

foreach $f (@files) {
  $f =~ /^[^\.]+\.([^_]+)_/;
  $pre = $1;
  @f2 = glob ("$1*");
  print "$f found files ".join(" ",@f2)."\n";
  system ("./script.sh",$f,@f2) && die ($!);
}

提供输出：

T0rain.Zfp691_0895.2_v2_deBruijn.txt found files Zfp691.pwm.txt
Train.Hbp1_2241.2_v2_deBruijn.txt found files Hbp1.pwm.txt
Train.Hbp1_2241.3_v1_deBruijn.txt found files Hbp1.pwm.txt
Train.Hic1_2816.2_v1_deBruijn.txt found files Hic1.pwm.txt
Train.Zfp740_0925.2_v2_deBruijn.txt found files Zfp740.pwm.txt
Train.Zfp740_0925.3_v1_deBruijn.txt found files Zfp740.pwm.txt
Train.Zic1_0991.2_v1_deBruijn.txt found files Zic1.pwm.RC.txt Zic1.pwm.txt

我的“script.sh”是：

#!/bin/sh

echo Script got $0 $1 $2 $3

确保chmod 755所有脚本等

从模块中获取模式，并从其他目录中获取与模式关联的所有文件

1 个答案: