带模式文件的grep返回所有行而不是目标

Question

我尝试使用grep通过第二个文件中的模式列表对文件进行子采样。但是，每当我运行它时，grep都将返回第一个文件中的所有内容。

 grep -A1 -w --file=Fmerg_U1_filtering.txt Fmerg_final.fasta

但是，当我使用这种更为繁琐的方法时，它会很好地工作。

#!/bin/bash
while read i; do
    grep -A1 -w $i Fmerg_final.fasta
done < Fmerg_U1_filtering.txt

任何想法可能是什么问题？这让我发疯了！

head Fmerg_U1_filtering.txt
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Answer 1

Fmerg_U1_filtering.txt中的文本很有可能带有尾随/前导空格。

假设存在尾随空格，带有--file的grep命令也将尝试匹配这些空格，但是，带有$i（不带引号）的shell脚本将忽略这些空格。

因此，请检查文件Fmerg_U1_filtering.txt，删除前导/后缀空格。