Question

我是一名社交科学家，很难通过技术说明将图表计划dot documented here与sem包documented here进行整合。

我已成功运行pathDiagram包中的sem命令，该包输出可能被读入的代码dot. sem包的文档说

 "To obtain graphics output directly, the dot program must be on the system search path."

我确信这是一个完全平凡的问题，但我真的很感激帮助。我输了。

Answer 1

根据评论更新：

如果您在终端中键入which dot，则会收到路径响应，然后可以安全地说graphviz已安装。

根据pathDiagram的手册（即?pathDiagram），它无意返回值。

而是使用file参数指定保存输出的位置。

  pathDiagram(model=SomeModelInR, file="path/to/file", ...)

这似乎更像是一个普通的mac os x问题，但无论如何，我们走了：

在applications > utilities文件夹中，打开终端。

（我假设点叫dot，如果没有，请相应修改）
输入which dot
- 这将显示dot的路径，可能类似于/usr/bin/dot
- 在这种情况下，您在下一部分中寻找的路径是/usr/bin

输入echo $PATH
- 这将显示由:分隔的多条路径 - 如果您使用which dot获得的路径被列为其中一条路径，那么您已全部设置 - 如果没有，请参阅以下链接，了解如何修改

另见： How To Edit Your PATH Environment Variables On Mac

Answer 2

在R中执行此命令：

Sys.which("dot")

这将告诉您系统调用是否能够找到您的'dot'安装。你确实安装了'dot'，对吧？

MacOS的Graphviz pkg文件大于或等于10.6（您的ML为10.8）可以从AT＆amp; T实验室获得：http://www.graphviz.org/Download.php

从其.pkg文件（在OSX 10.6.8上使用相同的Graphviz版本2.30.1）安装后，我得到：

> Sys.which(c("dot"))
                 dot 
"/usr/local/bin/dot"

这不会打开dot。它只是确认点程序可以在R上找到。在hte ?pathDiagram页面上运行第一个例子只输出一个源文件到控制台，可以用dot到控制台，因为没有给出了file参数，但是如果你添加一个文件参数，它会使用dot创建一个pdf文件，并在控制台屏幕上显示一条消息：

pathDiagram(sem.dhp, min.rank='RIQ, RSES, RParAsp, FParAsp, FSES, FIQ', file="test",
 max.rank='ROccAsp, REdAsp, FEdAsp, FOccAsp', output.type="graphics", graphics.fmt="pdf")
#Running  dot -Tpdf -o test.pdf  test.dot

这会在我的工作目录中生成一个可以使用Preview.app查看的文件。如果您想单独使用dot，则需要阅读其手册并按照说明以独立方式使用它。

在R中的系统搜索路径上安装程序（点）

2 个答案:

根据评论更新：