我试图用水平线绘制图,其中data2和data3点应该在data1范围内。这将给出不同颜色的重叠线,但我收到的错误是:
Error in strsplit(filename, "\\.") : non-character argument
这是数据和代码。请给我一些建议。
data1 <- data.frame(Start=c(10),End=c(19))
data2 <- data.frame(Start=c(5),End=c(15))
data3 <- data.frame(Start=c(6),End=c(18))
filter_data2 <- data2[data2$Start >= (data1$Start-(data1$Start/2)) & data2$End <= (data1$End+(data1$End/2)), ]
filter_data3 <- data3[data3$Start >= (data1$Start-(data1$Start/2)) & data3$End <= (data1$End+(data1$End/2)), ]
data1 <- data.frame(rep(1,nrow(data1)),data1)
colnames(data1) <- c("ID","start","end")
data2 <- data.frame(rep(2,nrow(filter_data2)),filter_data2)
colnames(data2) <- c("ID","start","end")
data3 <- data.frame(rep(3,nrow(filter_data3)),filter_data3)
colnames(data3) <- c("ID","start","end")
dat1 <- rbind(data1,data2,data3)
pdf("overlap.pdf")
p <- ggplot(dat1, aes(x=(max(start)-max(start)/2), y = ID, colour=ID))
p <- p + geom_segment(aes(xend =(max(end)+max(end)/2), ystart = ID, yend = ID))
p <- p + scale_colour_brewer(palette = "Set1")
ggsave(p)
答案 0 :(得分:0)
您的代码中存在两个问题。如果要使用scale_colour_brewer()
,则应将ID值设置为因子
p <- ggplot(dat1, aes(x=(max(start)-max(start)/2), y = ID, colour=as.factor(ID)))
接下来,要保存ggplot2图,您有两种可能性。
使用ggsave()
功能,您应该提供文件名和格式。在这种情况下,函数pdf()
是不必要的。
ggsave(plot=p,file="plot.pdf")
使用功能pdf()
,您应该添加print(p)
,然后添加dev.off()
。在这种情况下,您不需要ggsave()
功能。
pdf("overlap.pdf")
print(p)
dev.off()