将samtools二进制文件复制到某些目录的位置

Question

我在Mac OS X上安装袖扣，这是说明：

http://cufflinks.cbcb.umd.edu/tutorial.html

在安装SAM工具下，我按照以下说明操作

1. 下载SAM工具
2. 将SAM工具tar包解压缩并cd到SAM工具源目录。
3. 通过在命令行输入make来构建SAM工具。
4. 选择要将SAM工具二进制文件，包含的库libbam.a和库标头复制到的目录。常见的选择是/ usr / local /.
5. 将libbam.a复制到您在上面选择的文件夹中的lib /目录（例如/ usr / local / lib /）
6. 在include /目录中创建名为“bam”的目录（例如/ usr / local / include / bam）
7. 将标题（以.h结尾的文件）复制到您在上面创建的include / bam目录（例如/ usr / local / include / bam）
8. 将samtools二进制文件复制到PATH中的某个目录。

我已经完成了第7步，但我不确定如何继续最后一步（＃8）：我应该使用命令：

sudo cp -a samtools-0.1.18 /usr/local/

还是进入其他一些目录？步骤8中的 PATH 表示什么？谢谢！

Answer 1

为了回答你的问题，我将介绍一些基本的linux知识，这些知识帮助我理解二进制文件及其位置。

在linux中，您可以通过键入二进制文件的完整路径来运行二进制文件，二进制文件将运行。例如，如果我在foo中有一个名为/usr/local/bin的二进制文件，我将运行命令/usr/local/bin/foo并运行foo二进制文件。

PATH的用途是一个快捷方式，因此您无需键入二进制文件的完整路径，只需输入二进制文件的名称。 PATH是一个变量，它包含所有具有要应用快捷方式的二进制文件的目录。因此，参考前面的示例，如果/usr/local/bin在我的PATH变量中，那么我可以运行foo。

因此，要回答您的问题，您可以通过运行命令echo $PATH来判断PATH中的哪些目录，如果其中一个目录是您的samtools二进制文件所在的位置，那么您的好！如果没有，您可以将samtools二进制文件移动到其中一个目录，这样就不必在每次运行二进制文件时都放置完整路径。