如何通过R中的素食包计算空模型下的棋盘分数（C分数）

Question

我最近希望在空模型方法下遵循棋盘分数，以计算本文采用的“{1}}共现分析”使用网络分析来探索土壤微生物群落中的共生模式。

不幸的是，本文没有详细描述纯素包的命令和参数的使用。

我相信在R中必须有一些纯素包的专家来根据空模型下的棋盘分数进行这种共现分析。

我可以使用脚本或命令和参数来帮助计算R中空模型下的C得分吗？

这个C-score的东西会给我一个pvalue的矩阵，我可以用来表示共现吗？

Answer 1

我想这可能会回答你的问题：

library(vegan)

library(bipartite)

null.model <- oecosimu(species, bipartite::C.score, "swap", burnin=100, thin=10, statistic="evals", nsimul=10000) #where species is you species by sites matrix

print(null.model)

Answer 2

这应该可以快速估算出C分数

library(vegan)
library(bipartite)
C.score(species, normalise=T, FUN=mean, na.rm=T)->cscore.speciesN
C.score(species, normalise=F, FUN=mean, na.rm=T)->cscore.speciesS
cscore.speciesN
cscore.speciesS