knitr使用RStudio编译问题（windows）

Question

我有一个基于knitr的Rnw文件，在mac（v0.97.316）和knitr（v1.1）上的RStudio中编译为pdf完全正常，但在windows环境中（相同版本）我得到编译错误。我已经在两个环境中检查了RStudio中的选项，它们是一致的。

似乎Windows设置始终注入：“\ SweaveOpts {concordance = TRUE}”进入“.tex”文件，即使我在Rnw文件中没有这样的标志，和/或如果我切换设置首选项，和/或如果我将“opts_knit $ set（concordance = FALSE）”选项添加到knitr设置块。如果我从“.tex”文件中删除该行并在cmd提示符下手动编译它，则会按预期生成输出。

我不确定这是否是一个RStudio或knitr问题，但任何指针都会受到赞赏。

注意，我也在RStudio支持委员会（http://support.rstudio.org/help/discussions/problems/5039-knitr-compile-problems-with-rstudio-windows?unresolve=true）上发布了这个问题。

Answer 1

注入\SweaveOpts{concordance=TRUE}的原因很可能是你的织布工Sweave而不是knitr，你也启用了Rnw一致性：http://www.rstudio.com/ide/docs/authoring/rnw_weave但我不能说肯定它不是Windows版本的RStudio的错误。无论如何，很容易验证它是否是一个RStudio问题 - 打开Compile PDF面板，你应该看到这样的日志：

如果你的织布工是Sweave，你会看到类似的东西：

这是我的配置（我在Ubuntu下）：

如果您确实使用knitr，并且RStudio仍然插入\SweaveOpts{concordance=TRUE}，我想它一定是RStudio的错误。

Answer 2

我遇到了这个问题，“R CMD build KFAS-master”已下载2016-04-24作为“KFAS-master.zip”点击“下载ZIP”来自KFAS的GitHub（https://github.com/helske/KFAS）。我无法复制问题，但我使用的工作是找到弹出窗口中提到的行（下面复制），并在前面用“%%”将其注释掉。

下载后，我解压缩并将文件夹名称更改为“KFAS”。然后我得到一个命令提示符并导航到包含重命名为KFAS的KFAS主文件夹的目录。这次“R CMD build KFAS”按预期工作。然后我在RStudio 0.99.893打开~KFAS / vignettes / KFAS.Rmw，截至2016-04-26的当前版本。我改变了一些东西并保存了结果。当我重复“R CMD build KFAS”时，我得到了下图中描绘的问题。

Jouni Helske指示我这篇文章。我通过在“\ SweaveOpts {concordance = TRUE}”之前添加“%%”来评论下面屏幕截图中提到的第69行。我保存了结果，“R CMD build KFAS”工作了。

有些东西似乎偶尔会在* .Rnw文件中插入一行“\ SweaveOpts {concordance = TRUE}”，但我不知道它是什么。我在OS X 10.11.2的MacBook Pro上运行R 3.2.4。

感谢Yihui和其他人在此主题中的早期帖子。

screen shot showing pop-up complaining, "It seems you are using the Sweave-specific syntax in line(s) 69... ."

Answer 3

即使默认情况下为“Weave Rnw files using”设置了knitr，我也遇到了同样的问题。

我通过转到Tools / Global Options / Sweave并将“Weave Rnw files using”设置为Sweave并按Ok来解决它。然后，我回去把它设置回knitr，现在一切正常。

我猜这确实是Rstudio bug