Question

我需要在R中将一组命令应用到目录中的所有单个.txt文件（大约300个）。

我对R不太熟悉，所以我在网上看到的有关循环的所有帮助都令人困惑，或者当你需要对每个文件应用多个命令时，我无法解决如何应用循环。

我需要应用于目录中每个文件（系统发育树）的命令（使用R猿库）：

testtree <- read.tree("tree123.txt")
unrooted_tr <- unroot(testtree)
write.tree(unrooted_tr, file="unrootedtree123.txt")

如何应用将这些命令应用于每个.txt文件的循环（使用R或在Unix命令行中）？输出（例如unrootedtree123.txt）将需要为每个单独的文件使用不同的名称。

提前致谢，达尼。

Answer 1

您可以获取所有文件，然后使用lapply循环并应用您想要应用的任何函数，如下所示：

files <- list.files(path="path/to/dir", pattern="*.txt", full.names=TRUE, recursive=FALSE)
lapply(files, function(x) {
    t <- read.table(x, header=TRUE) # load file
    # apply function
    out <- function(t)
    # write to file
    write.table(out, "path/to/output", sep="\t", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE)
})

循环遍历R中目录中的所有文件，应用多个命令

1 个答案: