Python程序读取SDF（化学）文件

Question

我想阅读sdf文件（包含许多分子）并返回分子的加权邻接矩阵。应将原子视为顶点并将其视为边。如果 i 和 j 顶点通过单键，双键或三键连接，则邻接矩阵中的相应条目应分别为1,2和3。我需要为每个顶点进一步获得距离矢量，列出不同距离的顶点数。

有没有可用的python包呢？

Answer 1

我建议使用Pybel来阅读和操作Python中的SDF文件。要获得绑定信息，您可能还需要使用更全功能但更少pythonic openbabel module，它可以与Pybel（作为pybel.ob）一起使用。

首先，你会写这样的东西：

import pybel

for mol in pybel.readfile('sdf', 'many_molecules.sdf'):
  for atom in mol:
    coords = atom.coords
    for neighbor in pybel.ob.OBAtomAtomIter(atom.OBAtom):
      neighbor_coords = pybel.atom(neighbor).coords

Answer 2

见

http://code.google.com/p/cinfony/

但是，对于您的确切问题，您需要查阅文档。