来自基因表达数据（40000基因（变量）x 30观察）我想创建一个40000 x 40000协方差矩阵。这肯定比我的RAM大。使用包'ff'，我设法为相关性预分配40000x40000空矩阵。然而，'cov'或'cor'功能将仅在我的系统上管理5000x5000协方差矩阵，因此我必须按块1：5000,5001：10000等协方差计算并沿对角线填充预分配矩阵。有没有人知道一个算法来填充矩阵中的“缺失补丁”，即1和22000之间的协方差（或相关性）。我知道我可以做所有成对组合并逐个填充矩阵，但'cor '很快...... 那么，有没有办法通过使用已计算的协方差来计算1/22000的cov（或cor）？
提前致谢！
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您可以使用带有2个参数的cov来计算非对角线块。
cov( x[,1:5000], x[,5001:10000] )