Question

我正在尝试使用以下代码并将其转换为knitr块（从Rcpp示例中借用）：

library(Rcpp)
library(inline)

openMPCode <- '
   std::vector<double> x = Rcpp::as<std::vector< double > >(xs);
   size_t n = x.size();
   #pragma omp parallel for shared(x, n)
   for (size_t i=0; i<n; i++) {
     x[i] = ::log(x[i]);
   }
   return Rcpp::wrap(x);
'

## modify the plugin for Rcpp to support OpenMP
settings <- getPlugin("Rcpp")
settings$env$PKG_CXXFLAGS <- paste('-fopenmp', settings$env$PKG_CXXFLAGS)
settings$env$PKG_LIBS <- paste('-fopenmp -lgomp', settings$env$PKG_LIBS)
funOpenMP <- rcpp(signature(xs="numeric"), body=openMPCode, settings=settings)

基本上，主要问题是确保将环境传递到knitr块，以便在编译代码时适当地设置PKG_LIBS和PKG_CXXFLAGS。 knitr块的外观示例：

```{r engine='Rcpp'}
#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
NumericVector openmp_log( NumericVector x ) {
  size_t n = x.size();
  #pragma omp parallel for
  for( size_t i=0; i < n; i++ ) {
    x[i] = ::log10( x[i] );
  }
  return x;
}
```

如果我理解正确，knitr会使用sourceCpp对块中的任何内容进行编译，并将engine.opts中指定的选项传递给sourceCpp。因此，我想有两种可能的途径：

设置engine.opts=list(env=...)以便传递适当的环境;但是，我在尝试这个时遇到错误（正式参数“env”与多个实际参数匹配）。
可以使用钩子/自定义块选项来设置环境，但我不确定如何完成此操作。

这是针织者1.0.11和Rcpp 0.10.2。

Answer 1

我没有意识到用户会将自定义环境传递给Rcpp引擎，因此我将默认环境传递给env中的sourceCpp()参数。现在我have removed限制。您可以在Github上安装development version。

Dirk提到的

PKG_LIBS应该是一个不同的问题。

Answer 2

我们今天碰巧已经意识到PKG_LIBS治疗是错误的：覆盖而不是尝试。所以我担心目前这不适用于Rcpp属性。

您可以切换到使用包，或在其他地方设置编译等标志。

编辑2月16日现在已在SVN中修复。

如何使用knitr将环境传递给Rcpp块？

2 个答案: