以自动方式获取蛋白质单体

时间:2013-02-11 16:56:34

标签: python biopython

对于PDB数据库中pdb格式的给定蛋白质结构集,我想找到一些自动检查每个结构是单体,二聚体,三聚体等的方法,所以我只得到每种情况下的单元结构或单体。我会谈论biopython,但我不确定并且想知道是否还有其他办法。

1 个答案:

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看起来第一步是访问PDB数据库。我不熟悉biopython,但是从文档中看起来它只有内置的数据库连接器,用于以下内容:

  • EXPASY
  • SCOP
  • 来自NCBI的Entrez(和Pubmed)

您知道如何连接PDB数据库吗?