我有一个data.frame
有5列,我想生成一个密度图矩阵,这样每个密度图都是两个密度图的叠加。 (这类似于plotmatrix,除了在我的情况下,每列中的非NA值的数量因列而异,我想要重叠的分布而不是散点图。)
我的第一次尝试无效,如下:
library(ggplot2)
library(reshape)
tmp1 <- data.frame(do.call(cbind, lapply(1:5, function(x) {
r <- rnorm(100)
r[sample(1:100, 20)] <- NA
return(r)
})))
ggplot( melt(tmp1), aes(x=value, fill=variable))+
geom_density(alpha=0.2, position="identity")+opts(legend.position = "none")+
facet_grid(variable ~ variable)
我的第二种方法让我几乎到了那里,但我只想在所有的情节中使用两种颜色,而不是5种不同的颜色。并且,我确信有一种更优雅的方式来构建这个扩展矩阵:
tmp2 <- do.call(rbind, lapply(1:5, function(i) {
do.call(rbind, lapply(1:5, function(j) {
r <- rbind(data.frame(var=sprintf('X%d', i), val=tmp1[,i]),
data.frame(var=sprintf('X%d', j), val=tmp1[,j]))
r <- data.frame(xx=sprintf('X%d', i), yy=sprintf('X%d', j), r)
return(r)
}))
}))
ggplot(tmp2, aes(x=val, fill=var))+
geom_density(alpha=0.2, position="identity")+opts(legend.position = "none")+
facet_grid(xx ~ yy)
我的解决方案是手动循环遍历列对并手动生成重叠的密度图,将它们保存到列表中。然后我使用`grid.arrange'将它们排列在网格中,给出下面的图像。
但是可以使用facet_grid
代替吗?
答案 0 :(得分:6)
最简单的方法是使用所有排列重塑数据(5 * 5 = 25)。
require(gregmisc)
perm <- permutations(5, 2, paste0("X", 1:5), repeats.allowed=TRUE)
# instead of gregmisc + permutations, you can use expand.grid from base as:
# perm <- expand.grid(paste0("X", 1:5), paste0("X", 1:5))
o <- apply(perm, 1, function(idx) {
t <- tmp1[idx]
names(t) <- c("A", "B")
t$id1 <- idx[1]
t$id2 <- idx[2]
t
})
require(ggplot2)
require(reshape2)
o <- do.call(rbind, o)
o.m <- melt(o, c("id1", "id2"))
o.m$id1 <- factor(o.m$id1)
o.m$id2 <- factor(o.m$id2)
p <- ggplot(o.m, aes(x = value))
p <- p + geom_density(alpha = 0.2, position = "identity", aes(fill = variable))
p <- p + theme(legend.position = "none")
p <- p + facet_grid(id1 ~ id2)
p