我正在寻找一个鼠标gtf来运行袖扣，其中包括有关启动器，cds和tss的数据。到目前为止，我只能找到一个带有基因和同种型数据的gtf。
感谢。
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启动子没有标准区域。对于tss你可以只取基因的起始位置，对于你可以采取的启动子，在tss周围+ -1000 nt，但这取决于你。围绕tss需要2000 nt的某种标准。
虽然如果你想用那个文件运行袖扣，我不会在tss中看到这一点。也许只是在促销员。或者在de tss周围做一个小区域，但它会在启动区域内。
我认为您可以使用awk轻松完成此操作。
希望它能给予一些帮助。 也许如果你解释你想做什么，其他人知道你的分析的其他选择。答案 1 :(得分：0)
是的，Ensemble网站有一个这样的gtf。你也可以去igenome：http://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html 并选择所需的版本。如果这不起作用，请告诉我。我总是可以发送我用于mm10
的gtf文件