Voronoi图基于R中的非度量距离

时间:2013-02-06 13:28:39

标签: r delaunay voronoi tessellation

我想在R中使用voronoi图。我在N维中有一组点(比如说10)。我不想使用多维缩放(MDS)。我希望使用非度量方法绘制voronoi图。有没有这个实现的包?如果没有,那么您能否建议我使用这些N维坐标绘制镶嵌图的合适方法。

1 个答案:

答案 0 :(得分:3)

目前尚不清楚您的问题是否是降维 或绘制曲面图:问题是分开的。 正如评论中所建议的那样,您可以使用

library(sos)
???"non-metric"
???"Voronoi"

找到你需要的功能。

# Sample data: a distance matrix
d <- dist( matrix( rnorm(200), nc=10 ) )

# Dimension reduction, via non-metric multidimensional scaling
library(MASS)
r <- sammon( d )

# Plot the Voronoi tessellation
library(tripack)
x <- r$points
plot( voronoi.mosaic(x[,1], x[,2]) )
points(x, pch=13)

除了主成分分析(prcomp) 和多维缩放(MASS::isoMDSMASS:sammon), 你也可以看看 isomapvegan::isomap), local linear embeddinglle::lle), maximum variance unfolding 或T分布式随机邻居嵌入(tsne::tsne): 因为其中一些(Isomap,LLE,MVU)基于“邻域图”, 这与您寻求的二维镶嵌不同, 它们对你的问题可能更有意义。