如何在R中绘制度数分布

时间:2013-01-23 09:36:04

标签: r plot distribution power-law

我想知道绘制度分布的脚本输出是否正确。

所以脚本是(所有顶点度数的向量都存储在x中):

x是

x
 [1] 7 9 8 5 6 2 8 9 7 5 2 4 6 9 2 6 10 8 

x是某个网络顶点的程度 - 如顶点1的度数为7,顶点2的度数为9,依此类推     x< - v2     摘要(x)的

library(igraph)
split.screen(c(1,2))
screen(1)
plot (tabulate(x), log = "xy", ylab = "Frequency (log scale)", xlab = "Degree (log scale)", main = "Log-log plot of degree distribution")
screen(2)
y <- (length(x) - rank(x, ties.method = "first"))/length(x)
plot(x, y, log = "xy", ylab = "Fraction with min. degree k (log scale)", xlab = "Degree (k) (log scale)", main = "Cumulative log-log plot of degree distribution")
close.screen(all = TRUE)
power.law.fit(x, xmin = 50)

我的问题是log-log图似乎是不正确的 - 例如,我的整体度为'7'8倍,所以不应该在log-log图上的这一点变为0.845(log 7)/ 0.903 (log(8)如(x / y)?

此外,有人可以告诉我如何将线(对数对数刻度上的幂律)拟合到屏幕2中的图中吗?

1 个答案:

答案 0 :(得分:5)

我不熟悉igraph包,所以你不能帮助那个特定的包。但是,这里有一些用于在log-log图上绘制分布的代码。首先是一些数据:

set.seed(1)
x = ceiling(rlnorm(1000, 4))

然后我们需要重新排列以获得逆CDF:

occur = as.vector(table(x))
occur = occur/sum(occur)
p = occur/sum(occur)
y = rev(cumsum(rev(p)))
x = as.numeric(names(table(x)))
plot(x, y, log="xy", type="l")

给出

enter image description here

关于你的拟合问题,我认为出现这种差异是因为igraph使用了MLE,而你正在进行简单的线性回归(不建议使用)。


作为一个插件,我已经开始使用package来拟合和绘制powerlaws。所以,使用这个包你会得到:

library(poweRlaw)

##Create a displ object
m = displ$new(x)
##Estimate the cut-off
estimate_xmin(m)
m$setXmin(105); m$setPars(2.644)

##Plot the data and the PL line
plot(m)
lines(m, col=2)

enter image description here