Question

我试图在R中使用igraph绘制小型网络。网络中的每个顶点都有一个名称，它等同于其标签。我想让每个顶点都有一个矩形符号，该符号足够大以适合其标签。

这是我的主要灵感。

Map of Hyperboria

使用igraph进行此操作的最佳方法是什么？

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代码为here

jsonToNM <- function(jfile, directed=TRUE) {
  # Requires "rjson" and "igraph"

  nm.json <- fromJSON(file=jfile)
  nm.graph <- c()

  # Initialize the graph with the given nodes
  g <- graph.empty(n=length(nm.json), directed=directed)
  # Add their names
  V(g)$name <- names(nm.json)
  V(g)$label <- V(g)$name

  # Now, add the edges
  for(i in 1:length(nm.json)) {
    # If the node has a "connected" field,
    # then we note the connections by looking
    # the names up.
    if(length(nm.json[[i]]$connected > 0)) {
      for(j in 1:length(nm.json[[i]]$connected)) {
        # Add the entry
        g <- g + edge(names(nm.json)[i],
                        nm.json[[i]]$connected[j])
      }
    }
  }

  plot(g, vertex.label.dist=1.5)
}

目前的输出低于。

current output

我的目标是将标签放在顶点图形内，并展开顶点的宽度以容纳标签。

Answer 1

这是一个例子。在一些肮脏的技巧（即将顶点大小乘以200）中，关键是使用两个绘图命令，以便在设置绘图大小后我们可以使用strwidth()来测量标签的宽度（和高度）第一个（空）情节。

library(igraph)
camp <- graph.formula(Harry:Steve:Don:Bert - Harry:Steve:Don:Bert,
                      Pam:Brazey:Carol:Pat - Pam:Brazey:Carol:Pat,
                      Holly   - Carol:Pat:Pam:Jennie:Bill,
                      Bill    - Pauline:Michael:Lee:Holly,
                      Pauline - Bill:Jennie:Ann,
                      Jennie  - Holly:Michael:Lee:Ann:Pauline,
                      Michael - Bill:Jennie:Ann:Lee:John,
                      Ann     - Michael:Jennie:Pauline,
                      Lee     - Michael:Bill:Jennie,
                      Gery    - Pat:Steve:Russ:John,
                      Russ    - Steve:Bert:Gery:John,
                      John    - Gery:Russ:Michael)

V(camp)$label <- V(camp)$name
set.seed(42)   ## to make this reproducable
co <- layout.auto(camp)

plot(0, type="n", ann=FALSE, axes=FALSE, xlim=extendrange(co[,1]), 
     ylim=extendrange(co[,2]))
plot(camp, layout=co, rescale=FALSE, add=TRUE,
     vertex.shape="rectangle",
     vertex.size=(strwidth(V(camp)$label) + strwidth("oo")) * 100,
     vertex.size2=strheight("I") * 2 * 100)

igraph vertex label width

顺便说一下。这对SVG图形效果不太好，因为无法测量R中文本的宽度，SVG设备只能猜测。

Answer 2

我知道这不是您问题的直接答案，但我建议使用其他工具进行可视化。 yEd非常擅长将节点的宽度调整为标签的大小。您还可以轻松操作可视化，并将其导出到SVG以进行最终润色。它可以从www.yworks.com免费获得（免责声明：我不在那里工作）。

要以易读的格式导出图形（yEd不理解igraph的gml格式），请使用graphml：

write.graph(graph, "test.graphml", format="graphml")

在yEd中打开它。转到编辑 - ＆gt;属性映射器并单击“新配置（节点）”（绿色“加”符号，左上角）。在fram的中间，在“数据源”下，搜索标签的名称（应该是'name'）。在名为“map to”的中间选项卡中选择“标签文本”，在右栏中将“转换”设置为“自动”。

现在选择工具 - ＆gt;将节点拟合到标签（第一次尝试时默认参数正常），然后选择您喜欢的布局。您可以导出为各种图像格式，但据我所知，所有这些都是使用位图中间实现的。因此，我通常导出到SVG并在inkscape中进行抛光。如果有人知道更有效的程序来获得igraph中生成的中等大小图形的漂亮布局，请告诉我。

在igraph中将顶点大小与标签大小匹配

2 个答案: